我國現行的財政分配關係中，高等教育的財權與事權是分離的，教育經費的預算沒有單獨立項。也就是說，我國高等教育經費的劃撥權在財政部門和計劃部門，高等教育的規劃和政策製定在教育部門，這就導致了財權與事權的分離、撥款行為與政策調控的分離。在實際操作中，一方麵，政府往往隻根據財力狀況來進行教育預算而不考慮高等教育發展的實際經費需求；另一方麵，由於教育行政部門沒有財權，所以就難以發揮撥款手段對高等教育發展的宏觀調控作用，也難以扶持高校麵向社會自主辦學。我國實行的“綜合定額+專項補助”的撥款製度雖然能夠很好地體現政府對各個高校撥款上的公平，同時擴大了高校在經費使用上的自主權，但由於它無法體現高校之間在經費的使用效率和社會效益上的差別，因此難以反映新形勢下各級各類高校經費需求的差別及其成本行為的變化規律。更嚴重的是，把在校學生數作為唯一的政策參數，勢必刺激一些高校為得到更多的經費而不顧辦學條件，盲目擴大招生規模，盲目追求學校層次的升格，從而影響辦學質量。另外，政府的這種撥款方式對高校間競爭機製的引入不利。政府撥款基本上起到的隻是“輸血”的作用，而對高校提高成本效益、提高自主融資能力的激勵不夠；而且，政府撥款在縮小高校間固有的地區差距和曆史背景造成的不平衡方麵發揮的作用也不夠。