由於20世紀90年代末以來學生規模的超常規快速擴張，原有渠道的資金來源數量遠遠不能滿足包括大量新建教學設施在內的資金需求。在政府撥款不足、經費供給缺口日趨擴大的狀況下，許多高校被迫選擇借貸籌資，既包括從外部金融機構獲得貸款，也包括來自高校內部不同項目之間的債務。負債運行是近年來各地高校普遍采用的籌資行為，成為繼財政撥款、學雜費收入之後，高校籌措資金的第三個主要渠道。雖然負債融資作為在原有財力有限製條件下高等教育非常規發展的特殊的資金融通手段，在一定程度上緩解了高校經費不足的困境，為高等教育的跨越性發展提供了重要的財力支撐，但與此同時，部分高校通過各種外部或者內部債務來維持學校的經營與發展，在相當程度上加重了後續財務運作的風險。而進入還款期使得高校的風險壓力不斷升級，這已經成為威脅我國高等教育良性可持續發展的嚴重隱患。[19]截至2012年，廣東50所公辦高校貸款98.69億元，年需向銀行支付利息7億元；2013年，浙江公辦普通高校的債務額已經達到94.68億元。近幾年來，隨著還貸高峰期的到來，高校負債危機加劇。為化解高校債務危機，有的省份由地方財政提供補貼的方式進行，例如，2017年年初，廣東省財政廳下發《關於安排2017年化解高校債務資金的通知》，由廣東省財政一次性安排3.4億元專項用於化解學校基建債務[20]，但在巨額貸款麵前仍然是杯水車薪。