對非義務教育階段的學生征收學費，可以說是高等教育投資體製改革中最突出的一點。收費製度既是解決高等教育經費投入不足的措施之一，也是高等教育經費來源多元化的途徑之一。我國從1989年開始對高校計劃內新生收取學雜費和住宿費，20世紀90年代中期實行招生與收費並軌，90年代後期，大學學費已經成為學校經費的重要組成部分。1996年12月，國家教委、國家計委、財政部下發《高等學校收費管理暫行辦法》，學費標準根據年生均教育培養成本的一定比例確定，但在實際執行過程中，存在著收費管理不規範及亂收費的現象。為規範高校收費行為，堅決治理亂收費，維護高校和學生的正當權益，保障學校、學生正常的教學及學習生活，2006年5月，《教育部國家發展改革委財政部關於進一步規範高校教育收費管理若幹問題的通知》出台，高校收費管理工作不斷加強[21]，但仍然存在著一些新的教育教學形式的收費政策尚不明確，以及高校為學生提供服務的收費和代收費等收費項目缺乏必要的規範的問題，而且部分高校仍存在擅立收費項目和提高收費標準等違規收費行為。同時，與收費改革措施配套的學生的資助製度也不夠健全，主要表現在資助的覆蓋麵不大，資助金額過小，並不能從根本上解決來自困難家庭的學生的學習和生活費用，造成很多優秀的貧困生無法享受到接受高等教育的權利。政府高度重視家庭經濟困難學生的資助工作。為了保障家庭經濟困難學生順利入學、完成學業，2007年5月，《國務院關於建立健全普通本科高校高等職業學校和中等職業學校家庭經濟困難學生資助政策體係的意見》出台。文件首次對我國學生資助製度做出了全麵、係統的規劃設計。經過十多年的發展，我國學生資助工作取得了重大進展，促進教育公平實現了質的飛躍。[22]但在資助政策的執行過程中，有的地方存在著附加額外受助條件、降低資助標準、改變資助用途、傷害受助學生心理等縮水、變形的製度規定，存在著資助監管責任不到位的問題，在資助程序上還存在著認定標準和資助檔次不明確，以及“輪流坐莊”、平均資助等現象，學生資助製度在精準資助、資助育人和依法資助等方麵有待進一步健全。