因為我國的高等教育機構大部分是由國家舉辦的，而且國家是教育投資的受益者，因此，我國各級政府必須承擔起教育投資主體的責任，創造條件，增加財政預算內教育撥款，真正落實“三個增長”的指標。具體來說，政府要進行以下方麵的改革。
（一）政府應進行撥款製度的改革
由於不同的撥款方式可以對大學產生不同的影響，因此，政府對大學撥款應該采取靈活的途徑和方式，並建立相對完善、具有激勵機製的撥款製度。原有的撥款模式是以規定項目、按人員編製計劃為基礎的預算分配方式，大學沒有任何自由選擇分配的餘地。而為了充分發揮財政撥款的作用，在保持以規定項目、按人員編製計劃為基礎下撥辦學經費製度的同時，政府應采用多種途徑撥款，如以科研合同或資助大學生入學等方式進行撥款，給予大學較為自由選擇分配的餘地，以充分調動大學參與競爭的活力，以期產生比單一撥款方式更好的效果。政府在撥款製度中應把投入—產出效益的評估作為財政撥款的重要指標，以發揮評估激勵機製在撥款中的作用。比如，在招生方麵，政府通過對高校進行辦學效益評估，對效益好的辦學單位，擴大招生，擴大投入；對培養質量比較好的辦學單位，在招生的生源選擇上予以優先，以便培養出更好的“產品”。另外，還應該調整財政撥款結構，適當降低目前專項補貼偏高的比例，增加綜合定額類一般性撥款在高等教育財政總投入中的份額，增強撥款程序中的公平性和透明度，確保高校能夠獲得維持正常運轉所必需的穩定的財源。2015年11月，《財政部教育部關於改革完善中央高校預算撥款製度的通知》要求立足高等教育發展實際，積極構建科學規範、公平公正、導向清晰、講求績效的中央高校預算撥款製度，支持世界一流大學和一流學科建設，引導中央高校提高質量、優化結構、辦出特色，加快內涵式發展，更好地為全麵建成小康社會服務。同時，根據部署，各地要結合實際，改革完善地方高校預算撥款製度，促進從整體上提升高等教育質量。