高等教育投資體製改革不僅要求政府負有“為主”的責任，而且對其他投資主體也提出了新的要求。高校作為教育投資的客體也絕不僅僅是作為經費接受者的角色，從本質上看，各個渠道的經費投入都是建立在高校的高質量的勞動成果——高質量的人才、科技成果和服務效果基礎上進行交換而得到的，沒有高水平的辦學成果是難以獲取更多的教育經費的。因此，要更多地發揮高校的自主性和能動性，完善高校教育經費的籌措體製，進一步提高投資效益。
（一）高校要大力推進科技創新
高校要通過加強科技創新平台和科技創新隊伍建設，進一步提高自主創新能力和集成創新能力；加速科技成果轉化，出讓專利技術，促進高新技術產業化，實現產、學、研結合，發展高校科技企業和企業集團，加大高校科技園區或生產力促進中心的建設，將科技發明的優勢快速地轉化為效益和經濟上的優勢。另外，高校可以憑借自身在人力、科技、信息、實驗設備等多方麵的優勢條件，開展多種形式的科技服務、合作項目及信息谘詢等活動，不斷拓寬經費來源渠道，增強資金總量的供給。
（二）實行高校微觀管理創新，改革內部的資金等財務管理體製
一是進一步改革微觀管理體製，加快和完善後勤社會化改革，大力壓縮不必要的行政後勤成本；改革高校公費醫療製度，由學校、保險機構共同承擔醫療費用製度，以減輕高校負擔，增強高校適應社會的能力；改革離退休製度，推行社會和高校共同養老保險製度。總之，高校要大膽實行住房、醫療和社會保障體製改革，徹底改變“學校辦社會”的局麵。
二是在微觀財務管理上，要建立健全經濟責任製，提高年度預算核定和預算管理的科學性。高校編製預算要堅持“量入為出、收支平衡”的總原則：收入預算堅持積極穩妥原則，支出預算堅持統籌兼顧、保證重點、勤儉節約等原則。自主統籌安排使用好主管部門核定的預算經費，並加強成本核算，以避免浪費和效率低下，提高辦學效益。