高等教育體製改革是一項係統工程，高等教育投資體製的改革和完善需要協同推進相關教育改革，實現互促互動。比如，推進高等教育體製機製改革，加快建立高校分類體係，引導高校在不同層次、不同領域辦出特色，爭創一流。落實立德樹人根本任務，創新高校人才培養機製，全麵提高人才培養質量。深入推進政校分開、管辦評分離，進一步落實和擴大高校辦學自主權。完善中國特色現代大學製度，健全高校內部治理結構等。
高等教育投資體製的改革和完善，有利於拓寬高等教育投資的渠道，逐步改變高校對行政主管部門的從屬地位，向獨立的法人實體過渡；有助於調動社會、企業及個人投資辦學的積極性，使高校通過加強科技創新平台和科技創新團隊的建設，進一步提高自主創新能力和集成創新能力，增加高校的經費，擴大辦學規模，滿足人民群眾和社會對高等教育的需求；有利於政府將教育資源的統籌分配和必要的政策引導統一起來，改變對高校的撥款和管理“政出多門、條塊分割”的局麵，有效地實現政府必要的宏觀統籌和調控；有利於統一撥款標準，提高撥款的整體效益，體現公平、透明和有效的原則，把競爭機製引入高等教育之中，促進教育質量和辦學水平的提高，改變單一的公辦高校長期以來形成的“大鍋飯”“鐵飯碗”機製，防止高校在資源分配上的過大差距，實現高校平等有序的競爭。
高等教育投資體製的改革與完善，需要我國的高等教育經費總投入有穩定的來源並保持穩定的增長。從中央層麵來說，要確保中央公共財政支出絕對量和相對量同時增長；從地方層麵來說，要確保地方政府的高等教育投入及比例雙增長，確保生均撥款水平達到國家規定要求；從學校層麵來說，要確保教育教學經費比例逐年增長。[24]同時需要依法理財，嚴格執行國家財政資金管理法律製度和財經紀律。建立科學化、精細化的預算管理機製，提高預算執行效率；還要增強經費分配的科學性，提升經費使用和資產管理專業化水平等。隻有這樣，我國的高校才有可能順應世界高等教育和科技發展的潮流，發揮人才培養與科學研究相輔相成、基礎研究與應用研究緊密聯係、學科交叉與融合的優勢，不斷強化高等學校的知識傳播和科研創新、教學創新、知識創新等功能，從而為我國建設創新型國家和人力資源強國做出更大的貢獻。