麵對新時代民辦教育改革發展的新形勢新要求，民辦學校內部治理尚在不斷完善優化之中，不可避免地存在一些突出問題。
（一）董（理）事會組建及運行隨意化
當前我國的法律政策對民辦學校董（理）事會的規定比較籠統，因而給實際操作留下了較大的自由空間，在一些民辦學校實際的董（理）事會治理形式與規範的董（理）事會形式和內涵出現了偏差。一是相關法規對董（理）事會席位數及人員比例雖有明確規定，但是民辦學校董（理）事會實際成員中往往沒有師生代表及外界人士；二是舉辦者、董（理）事會、校長行使權力的邊界仍不清晰，權力交叉、權力越位現象時常發生，董（理）事長和校長互不理解、互不支持，甚至發生矛盾衝突的現象頻發；三是董（理）事會為主的權力決策運行機製也不規範，製度的隨意性執行或選擇性執行無法衡量、規製。有些學校雖然設立了董（理）事會，但仍沿用“家族式”“家長式”管理模式，董（理）事會形同虛設，未發揮真正作用。實踐證明，法人治理僅有組織結構是不夠的，必須有嚴格、規範的運作程序和規則保障治理機製協調運行。
（二）基層黨組織邊緣化
相比於公辦學校實行黨委領導下的校長負責製，多數民辦學校的領導體製是董事會領導下的校長負責製。在這種情況下，如何發揮好黨委在學校發展中的政治核心作用，成為民辦學校黨建工作的重要課題。
當前，在民辦學校內部治理中，黨建工作麵臨不少新情況、新問題、新挑戰。如有的民辦學校內部治理需要進一步增強黨組織的政治核心地位，建立具體化、可操作的製度，確保黨委書記有效參與學校重大問題決策，在工作中不缺位、不錯位、不越位；針對有的民辦學校兼職黨組織書記較多、流動性大，支部書記抓黨建精力不足、黨管黨務能力不夠，黨建工作“談起來重要、抓起來次要、忙起來不要”等現象，需要進一步加強黨務幹部隊伍建設；需要進一步增強黨組織的滲透力，擴展黨組織在校內作用的領域，破除幹部能力、場地保障、經費投入等因素的製約，解決部分民辦學校黨組織覆蓋率較低、隸屬關係不順暢、黨組織生活不正常、黨建工作作用不明顯、黨組織監督作用發揮不到位等問題。