（一）從多樣到統一
由於民辦教育係統自身演化的複雜性，以及政府對民辦學校治理形式缺乏統一的規定和要求，在《民辦教育促進法》出台之前，民辦學校內部治理形式雜亂多樣。當時較為常見的內部治理形式包括董（理）事會領導下的校（院）長負責製、校長負責製、校務委員會領導下的校長負責製、教職工代表大會基礎上的校長負責製（這類學校主要由集體發起成立，無實質性的出資者，教職工根據工作時間長短和貢獻大小享有學校股權）、主辦企業領導下的校長負責製等。這些治理結構形式名稱各異，治理主體的職責和權力範圍各不相同。教育部有關部門2000年對159所民辦高等教育機構和744所民辦中小學的調查發現，約67%的民辦高等教育機構實行董事會領導下的校長負責製，28%實行校長負責製；約57%的民辦中小學實行董事會領導下的校長負責製，28%實行校長負責製。[5]
這種狀況一直延續到2002年《民辦教育促進法》及其實施條例頒布之後，民辦學校才逐漸朝著建立董（理）事會領導下的校（院）長負責製方向發展，到2016年通過新《民辦教育促進法》，明確將實行民辦學校非營利性、營利性分類管理，民辦學校法人治理結構統一到實行董（理）事會領導下的校（院）長負責製。
董（理）事會領導下的校（院）長負責製明晰了學校董（理）事會和校長的權責範圍。學校董（理）事會行使下列職權：聘任和解聘校長；修改學校章程和製定學校的規章製度；製定發展規劃，批準年度工作計劃；籌集辦學經費，審核預算、決算；決定教職工的編製定額和工資標準；決定學校的分立、合並、終止和其他重大事項。校長負責學校的教育教學和行政管理工作，行使下列職權：執行學校理事會、董事會或者其他形式決策機構的決定；實施發展規劃，擬訂年度工作計劃、財務預算和學校規章製度；聘任和解聘學校工作人員，實施獎懲；組織教育教學、科學研究活動，保證教育教學質量；負責學校日常管理工作；學校理事會、董事會或者其他形式決策機構的其他授權。