價值認同是優化民辦學校內部治理的邏輯起點。民辦學校內部治理結構的優化，需基於一定的行事規則和價值標準，規定什麽類型的行動者被允許存在，什麽結構特征是合理的，應該遵循什麽程序及與上述行動相關聯的意見等規則。[12]
（一）遵循依法治理的價值理念
依法治理，既是我國治國的基本方略，也是各行各業努力推進的重要工作。在教育領域，要推進依法治教、依法治校。民辦學校要堅持社會主義辦學方向，貫徹國家教育方針，非營利性民辦學校與營利性民辦學校都要恪守教育公益性原則，把完善章程、落實法人財產權、健全內部治理結構作為重點，牢固樹立依法辦事的理念，建立公正、合法、係統、完善的製度與程序。要全麵推進民辦學校依法治理，構建政府依法管理、學校自主辦學、社會依法參與的治理格局。
（二）遵循教育規律的價值理念
教育的本質就是教化人心、陶冶情操、完善人生，培養高素質的公民。民辦學校雖然有著與公辦學校不同的發展軌跡，但都必須遵循教育的規律，掌握實現教育目的的路徑與方法；以教育規律為指導，遵循學生身心發展特點和教育教學規律，提供適合的教育；注重創新和發展，依照育人規律、可持續發展規律治校。
（三）遵循以人為本的價值理念
人是發展主體，堅持以人為本的價值觀，就是把滿足廣大學生的成才發展需要作為學校治理的出發點和落腳點。實踐以人為本的治理理念，以關心人、尊重人、激勵人、解放人、發展人為根本思想來管理學校，把人作為學校內部治理的核心和學校最重要的資源。[13]具體來講，就是以教師為主導，重視教師的創造性發展；以學生為主體，為學生營造民主、寬鬆的學習環境。