（一）研究方法和研究視域單一
盡管40年來兒童研究的內容與主題不斷豐富，但方法學上的進步卻相對滯後。研究者們依然普遍使用問卷調查、測量等傳統研究方法；麵向低齡幼兒的研究缺少方法上的突破；缺少有效利用兒童生理心理發展數據的研究方法，如智能手環、檢測睡眠式床墊、眼動追蹤技術等。計算機視覺領域的技術，如表情識別、視頻標記與提取等在視頻資料處理與分析方麵的潛力也尚未引起研究者關注。此外，兒童研究的視角還較為局限。受哲學、心理學和社會學等學科的影響，在大教育研究領域新的研究視域如現象學、符號學、解釋學、民俗誌等的研究層出不窮，但在學前兒童研究領域新的研究視角並不多見。
（二）橫向研究明顯多於縱向研究
橫向研究是通過在同一特定時間內比較不同年齡組的被試者來研究發展傾向的一種方法，雖然可以在短期內獲得結果，但研究群組間的可比性較差，除了研究者要考察的因素之外，可能還存在其他方麵的差異。而縱向研究則是在跨越一定時間的情況下，對同一個樣本群體進行至少兩次的測查。[104]縱向研究可以在較長的時間裏追蹤研究同一個體或同一群體，探究發展的一般模式、個體差異以及早期經曆與以後成長發展的關係，以動態的發展觀認識個體已有的發展結果，對研究兒童個體或群體的變化、發展順序以及相應的社會和環境變化非常有價值，已成為國際範圍內研究兒童發展與教育問題的重要研究方法。但目前我國關於兒童的研究大多屬於橫向研究，少數的縱向研究也存在樣本代表性不足、研究內容不夠全麵係統的問題。[105]
持續的資金支持是進行兒童發展與教育縱向研究的有力保障。而縱觀以往的研究，長期項目的時間、人力、物力投入較大，支持長期項目研究的基金較少，而且基金項目與科研機構越來越強調短期內的成果產出與量化評價，導致研究可持續性較差，影響研究的深度。另外由於縱向研究費時費力，研究人員與機構之間的合作是必不可少的，如已有的縱向研究中就有相當一部分是高校與醫學研究中心在醫院合作完成的，加強跨機構間的合作已成為縱向研究發展的趨勢。