（一）與相關法律的銜接不暢，缺乏配套落地措施
修改後的《教育法》取消了“不得以營利為目的舉辦學校”的規定，《民辦教育促進法》中有關營利性學校和非營利性學校分類管理的修正案也獲得通過，從而使原先的“合理回報和非營利性”這一結構性矛盾得以解決。但是，法律規定並不清晰，與相關法律法規未能理順銜接，配套措施也遲遲未能出台。
例如，2016年修改的《民辦教育促進法》和《國務院關於鼓勵社會力量興辦教育促進民辦教育健康發展的若幹意見》對政府扶持、稅收優惠、教師待遇等雖有新的規定，但均為原則性要求，缺乏可操作性和約束力。如在稅收方麵，《國務院關於鼓勵社會力量興辦教育促進民辦教育健康發展的若幹意見》基本延續了原來的政策，並沒有解決由於民辦學校收取的學費不納入財政專戶而缺乏免稅的法律依據問題，也沒有對各地反映強烈的法人財產權過戶登記過程中過重的稅費負擔問題提出解決辦法。[13]在教師社會保障方麵，2016年修改的《民辦教育促進法》提出國家鼓勵民辦學校按照國家規定，為教職工辦理補充養老保險，《國務院關於鼓勵社會力量興辦教育促進民辦教育健康發展的若幹意見》提出建立學校、個人、政府分擔的民辦學校教職工社會保障機製，但對於如何辦理和分擔則缺乏明確規定。
再如，修改後的《民辦教育促進法》要求民辦學校按營利性和非營利性分別進行相應的法人登記，但是《社會服務機構登記管理條例》（《民辦非企業單位登記管理暫行條例》修訂草案征求意見稿）自2016年5月發布以來仍在進行修改完善，修訂《民辦教育促進法實施條例》被列入2017年教育部工作要點現仍未完成。這些急需出台和修訂的法律法規不僅需要解決新法與《中華人民共和國民法總則》（以下簡稱《民法總則》）等相關法律的具體銜接問題，而且要考慮《國務院關於鼓勵社會力量興辦教育促進民辦教育健康發展的若幹意見》中的許多新提法、新舉措、新設計。例如，建立信息強製公開和黑名單製度、財務審計製度以及政府財政扶持納入預算等內容[14]如何被立法吸收和強化，否則也會直接影響整個民辦教育政策法律體係的科學性和完整性。