在《民辦教育促進法》的製定過程中，有關民辦學校分類管理的問題一直分歧很大。支持者認為分類管理有利於非營利性學校的發展，也符合國際趨勢。反對者則認為將民辦學校分為營利性和非營利性學校違反了1995年頒布的《教育法》第二十五條“不得以營利為目的舉辦學校及其他教育機構”的規定。為了緩解教育公益性與資本尋利性的矛盾和衝突，立法最終在保證民辦教育公益性的前提下，允許辦學者取得“合理回報”。同時，為了照顧分類管理的意見，附則中規定“在工商部門登記注冊的經營性民辦培訓機構的管理辦法由國務院另行規定”。這是在參與立法各主體意見分歧，加上立法過程中權力的相互製約，人大麵臨換屆即政策之窗即將關閉的情況下，在最高領導人的協調下，妥協折中的結果。[17]然而，立法的折中不僅未能解決現實中的民辦學校分類問題，而且因合理回報的性質問題而備受質疑和詬病，因此，在《教育規劃綱要》明確提出“探索營利性和非營利性民辦學校分類管理”的改革方向以後，2016年的《民辦教育促進法》修正案正式刪除了有關“合理回報”的內容，並將民辦學校區分為營利性和非營利性兩類分別管理。
（一）過渡期分類登記如何推進
根據要求，2016年11月7日之後設立的民辦學校應到相關部門分類登記。《民辦教育促進法》修改前設立的民辦學校選擇登記為非營利性民辦學校的，依照修改後的學校章程繼續辦學，履行新的登記手續。選擇登記為營利性民辦學校的，應當進行財務清算，依法明確財產權屬，繳納相關稅費，辦理新的辦學許可證，重新登記後繼續辦學。相應具體辦法由各省、自治區、直轄市人民政府製定。而鑒於分類管理問題的複雜性，在具體實施方式上采取的是“一省一規，一校一策”的指導思想。[18]