（一）加快推進高校所辦企業股權多元化改革
股權結構是公司治理結構的根本，其特征決定了其公司治理結構的特征。高校要促進企業產權組織體係合理化，應該根據高校所辦企業的類型、承擔的職能及與高校的關係，確定不同的股權結構。當前高校所辦企業大多數處於一般性競爭領域，如果高校所辦企業和學校教學科研事業高度相關，且無法和高校的資產（含無形資產）、業務徹底分離，那麽對於這樣的企業，高校應該采取全資或控股的方式；其他類型的企業，高校應加快推進其股權多元化改革，減少獨資、全資企業數量，通過股權多元化，建立合理有效的股權製衡機製。
（二）建立以剩餘索取權為中心的內在約束激勵機製
應推進高校所辦企業國有資產監督管理體製的改革，完善國有資本出資人製度。將高校國有資產出資人職能、國有資產監管職能和運營職能分開，國有資產出資人職能由學校行使，國有資產監管職能應獨立於教育行政管理部門之外，由專業的監管機構行使，國有資產運營職能由高校資產經營公司行使。高校主要通過行使股東權參與高校所辦企業的管理，把自己塑造成“幹淨的出資人”角色。高校國有資本的出資者代表與其他出資者一樣，以出資的多少享有相應的股東權利，並承擔相應的義務，和其他股東平等參與公司的治理。高校根據公司的分類，對獨資公司和控股公司實施不同的公司治理製度。嚐試對獨資公司簽訂經營合同采取契約化治理。推動公司董事會、監事會的建設和經營者激勵約束機製的完善。正確處理新老三會的關係，明確黨組織在企業中的政治核心和領導核心作用，推動黨委會、工會、職代會，按照有關法規和政策，以法定的程序參與公司的重大決策並對公司進行監督。