十六國東晉以後，佛教的傳播日益興盛，佛教經典翻譯增多，佛教擺脫原來依附的狀態，開始獨立發展。統治者上層信奉佛教者越來越多，由於得到帝王及貴族大臣的扶持，佛教的勢力日漸壯大，開始形成一定規模的佛教寺院經濟，並對世俗政權產生威脅。同時東漢末本土生成的道教也發展成為重要的宗教勢力，雙方為爭取信眾，彼此間相互攻訐鬥爭。因此，佛、道、儒間的矛盾和衝突便凸顯出來。
十六國時期後趙政權崇信佛教，結果是“中州胡晉，略皆奉佛”，境內的胡人、漢人信奉佛教者增多，出家為僧尼人數激增。但這些出家僧尼並非全部都是虔誠信佛，是“真偽混淆，多生愆過”，很多是為了逃避徭役和兵役。當後趙石虎問中書令王度時，王度認為佛出於西域，為外國之神，不是天子所宜祠祀。而且華戎製度不同，華夏服禮，不宜雜錯。因此王度提出禁止境內的趙人到寺廟燒香禮拜，要分別華戎、華夏以遵典禮。但石虎本身是胡人，認為佛是戎神正所應奉，故下詔允許百姓自由信奉佛教。王度的奏疏反映了部分中國士人對佛教的抵觸態度。
南方的東晉同樣也出現相類的論調，《晉書·蔡謨傳》提到蔡謨認為佛是夷狄之俗，不是經典之製，而且佛是夷人，隻聽過“變夷從夏”，卻沒有“變夏從夷”。
隨著佛教勢力的發展，佛教與世俗王權之間也出現矛盾，東晉末年的沙門不敬王者的論爭是其表現之一。佛教戒律有出家人不禮敬在家人的規定，包括國王和父母。《梵網經》出家人法：不向國王禮拜，不向父母禮拜，六親不敬，鬼神不禮。出家人不許跪拜國王、父母的規定顯然與中國儒家禮法中的忠、孝觀念相違背，因此引起儒家士人的反對和攻擊。佛教自漢代時傳入，但至東晉才出現沙門不禮拜世俗之人禮儀的爭論。這表明僧尼人數的眾多已達到足以引起重視的程度，佛教的勢力發展對世俗王權構成衝擊。僧尼不拜世俗的戒律被攻擊為脫落父母，遺蔑帝王，是“無君無父”的行為。人數眾多又無君無父的僧尼形成一股可以抗拒王權的勢力，世俗王權顯然不能坐視不理。東晉成帝時庾冰輔政，認為沙門應敬王者，遭到信奉佛教的尚書令何充反對，下禮官議，幾經論爭無果而終。東晉末年，桓玄再次提出沙門應敬王者，與中書令王謐、僧人慧遠等往複論爭，最後桓玄因圖謀篡位，又許沙門不敬王者。慧遠後來撰寫《沙門不敬王者論》以論證沙門不應禮敬帝王。沙門是否應禮敬王者的爭論是佛教發展過程中與本土儒家禮法衝突的表現，部分儒家士人從維護傳統禮法和王權的至尊出發，主張禮法必須遵守，概莫能外，出家的僧尼也不能例外。佛教信徒則力圖保持其獨立性，但麵對強大的本土文化的壓力，卻又不得不做出適當的調和。慧遠的《沙門不敬王者論》體現了這種趨勢，把佛教義理和名教之間的關係作了協調。慧遠提出佛經有二科，一是處俗弘教；二是出家修道。“處俗則奉上之禮。尊親之敬、忠孝之義表於經文”，這一條全是檀越所明，不容有所別異。出家修道卻是“方外之賓，跡絕於物”。他把在家信徒與出家僧人作了區別，指出在家信徒應遵守世俗社會的禮法規定，出家修行的僧人則應保持不敬王者的獨立性。慧遠進一步把儒家的基本思想納入佛教的教義中，把儒家的禮觀念引入佛教。他將佛教與名教結合，兩者是“出處誠異，終期則同”，為此後中國佛教所遵循。