扁桃體分為咽扁桃體、齶扁桃體、舌扁桃體，我們常說的扁桃體主要是指齶扁桃體。扁桃體是免疫器官，它可產生淋巴細胞和抗體，具有抗細菌和抗病毒的防禦功能。扁桃體的免疫屏障功能對維持嬰幼兒機體內環境穩定具有重要作用。尤其扁桃體在咽部，而咽部是飲食和呼吸的必經之路，經常受到各種病菌和異物侵擾。扁桃體的重要任務，就是對這一個特殊的區域進行保護。
簡單來說，扁桃體屬於淋巴組織，它能發揮抵禦上呼吸道病毒和細菌的作用，承擔咽喉位置的健康保衛功能。在孩子9月齡前，扁桃體一般看不到，一旦發育完全，扁桃體會在整個兒童期保持增大的狀態，而在成年之後，扁桃體抵禦疾病的功能會逐漸減弱，也會變小。
正因為咽部常常會接觸到病菌，所以扁桃體就容易遭受侵襲而發炎。有些細菌平時是與我們共存的，比如溶血性鏈球菌、葡萄球菌和肺炎球菌等致病菌，它們就存在於人的咽部和扁桃體隱窩內。正常情況下，由於扁桃體表麵上皮完整和黏液腺不斷分泌，可以把這些細菌隨同脫落的上皮細胞從隱窩口排出來，維護身體健康。
然而，當我們因為過度疲勞、熬夜、受涼等，抵抗力下降了，身體的防禦功能就會減弱，扁桃體的分泌功能也會降低，它自然就會遭受細菌感染而發炎，表現為扁桃體炎。