“••••••損失大小鳥船三十二艘、大小趕繒船二十四艘、小炮船一艘、雙帆艍船十五艘、各色艚船四十三隻••••••”
施琅入鹿耳門之時尚有各種船隻五百五十三艘，如今幾近損失了四分之一。
“••••••陣亡總兵官陳昌、副將黃昌、蔣懋勳，參將許克濟、羅士鉁、陳遠致、謝英，遊擊何應元、方鳳、陳義、朱春以下將官二十九員、其餘官弁目兵四千二百二十六員、傷者有參將羅易以下二千五百七十一員••••••”
傷亡這麽慘重的原因主要是外圍戰船被鄭軍的火攻小劃子突破之後，內圈艚船上的清軍陸師在火起之後紛紛選擇跳水逃避，結果不識水性的清軍燒死、燒傷的不過一千餘人，其餘的皆是溺斃在內海之中。
“••••••損失一千五百斤大佛郎機炮一門、三百斤虎蹲炮一百四十七門，戰馬及馱馬二百五十六匹，鳥銃、鎧甲、刀槍、火藥等不可估算，另有••••••”
麵對慘痛的傷亡數字和極大的物資損失，施琅雖不動聲色，但他手下那些總兵、副將們卻未免有了一些其他的想法。
要知道，當初攻打澎湖時施琅帶來的清軍約有三萬，海戰中傷亡了八千多，盡管又俘獲和接收了一萬左右的鄭軍，但施琅對他們信不過，隻是選取了中的八千人作為補充，此後因為鄭克臧不願投降施琅便又從銅山和思明運來三萬人的部隊，其中一萬清軍及二千鄭軍俘虜留守澎湖，跟著施琅一起攻打東寧的約有五萬。這五萬之眾當中陸師約占六成有三萬之數，水兵不過兩成計兩萬人。
抵達東寧之後，清軍先是在北汕尾島上損失了八百多人，久攻不下之後留下二千餘人圍困童子軍炮壘；其後，在突破南航道時，前後又折損了包括一艘大炮船在內的十七條戰船一千餘人，至此清軍隻剩下四萬六千餘人，如今又有幾近七千人的傷亡，等於說前後清軍已經有超過五分之一的人馬不能參與主力決戰了。