噶爾丹在征討喀爾喀得勝之後便引軍返回科布多整修，此時他軟禁在亦力巴裏（注：伊犁）的兩個南疆回部蘇丹策動叛亂，但在噶爾丹回師之後便被準格爾人所平定。不過叛亂雖然平定了，可占卜的喇嘛卻說噶爾丹的兩個侄子、前任僧格汗之子索諾木阿拉布坦和策妄阿拉布坦是叛亂的背後主謀者。
由於蒙古人的繼承製度，對兩個實力不俗的侄子早就心懷忌憚的噶爾丹便順水推舟的聽信了讒言，設計處死了索諾木阿拉布坦。知道叔父已經容不下自己的策妄阿拉布坦率領部屬五千餘人連夜逃離了科布多，西逃到吐魯番招兵買馬，然後回師占領了準格爾本部，與噶爾丹隔著阿爾泰山形成了對峙。
鑒於失去了來自準格爾本部以及中亞地區眾多的財賦和兵源，噶爾丹的處境變得困頓起來，為了重整旗鼓，噶爾丹便決定對喀爾喀蒙古地區再次發動進攻，以從漠北各部劫掠來的牛羊人口維持其部屬的繼續生存。
康熙二十八年、永曆四十二年，西曆主誕後一六八九年三月，第二次東征的噶爾丹率部抵達色楞格河下遊地區。為了從當地的喀爾喀蒙古人手中獲得必要的物資，噶爾丹要求當地台吉臣服準格爾帝國，但這就與同樣把侵略目光投向此地的沙俄發生了衝突。
此時清廷為了貫徹先北後南的決策，聯合一切可以聯合的對象，便在與沙俄的談判中作出讓步。康熙二十八年七月二十四日（1689年9月7日），鄂羅斯全權代表費耀多羅•戈洛文伯爵和清廷全權代表領索額圖、佟國綱在尼布楚（注：俄羅斯涅爾琴斯克）簽定的邊界條約，史稱《尼布楚條約》。
根據該條約清廷放棄了從元明時期就隸屬於中國的黑龍江支流格爾必齊河以北、外興安嶺以北及西段額爾古納河以北廣袤的領土，籍此換取了沙俄政府答應不與準格爾人結盟的承諾，至此，清廷已經做好了與噶爾丹兵戎相見的準備••••••