經四朝立三帝的鄭克臧逐漸加快了自己開國的腳步，保康元年二月十七日，鄭克臧正式從南直隸中分割出江（北）淮（南）省，省會在新昌府，並以原大都督府警察經曆司司官、招討大將軍幕府警政衙門會辦大臣、領侍衛內大臣閆剛為第一任江淮總督。同時鑒於皖中和蘇北間湖泊、運河分割的地形，繼續保持兩總兵的格局。
二月二十日，鄭克臧又以厘定政務為名撤消了各省布政司、按察司、都指揮使司，使得三司的職務與中央部院一樣成為了加銜、虛銜。隨後，鄭克臧宣布在浙江、江西、福建、廣東四個遠離戰區的身份設立從二品都督，總地方軍政。但事實上，都督即不掌握監察權、審判權，其名義中的軍權也通過水陸軍分署和各省總兵來施行。
設立都督之後，各省的政體隨即按照幕府體製進行改製，改製中也發生了一些變化，其中原本撤除的屯田司被恢複且並入水利部、戶政歸口於警政衙門管轄等等。並由此形成了從三品轉運使（鹽鐵部）、兵馬使（陸軍部）、水軍兵馬使（水軍部）、提學使（學部）、督造使（郵傳部）、都水使（水利部）、支度使（度支部）和監察禦史、大審院分院使、禮儀院分院知院事及按察使、提獄使、鴻臚使（總督蕃洋列國事務衙門）、市舶使（海關衙門）等一係列新舊官銜組成的微縮中央機構的新的省級政府以及等而下之的府縣政府
不過，組織架構雖然發生了變化，但府、直隸州、散州、縣和在設置流官的少數民族地區的廳的區劃製度卻沒有發生本質的改變，隻是各級官府的主官、佐官的品階有了變動，其中府尹為從四品、直隸州州尹為正五品、散州州尹為從五品、縣令升格為了正六品。
府尹之下設正五品通判一員，通判既是府尹的副手，同時具備製約府尹的權力，若是通判不在府尹下達的命令上副署，就一如在詔書尚沒有總理大臣和分管內閣大臣的印璽一樣是無效的。此外，府的區域內若是有散廳---散廳是用來管理麵積較大的縣的部分地區或幾個縣相鄰地區的一種行政區劃---則設分管從六品同知一員或若幹員。