嬴政自這次抱病之後，性情突然大變。或許是意識到自己的歸期不遠了，他急切地找來了巧匠大師公輸班的再傳弟子，齊地最著名的大匠田齊，開始同時興建阿房宮和驪山陵。
工程興起之時，鹹陽各處，囚犯絡繹於途，運石挖土，裝載木頭，一片混亂。人民哀怨於繁重的徭役和官吏的**威，紛紛揭竿而起。
嬴政對這些事情一無所知，他一個人坐在王位上，唯我獨尊，目空一切。
丞相李斯看出了嬴政的心思，為了討好他，李斯擬寫了一封對策。李斯在對策裏大肆痛斥了儒家“民為重，社稷次之，君為輕”的民本主張，他提出要焚燒諸子百家的著作，並禁止儒生當眾討論詩書等對策，來統一天下的言論。
嬴政對李斯的對策大為讚賞，決定實施此策。在李斯的嚴刑酷法之下，秦域之地，三十日內，火光衝天。古籍竹簡，羊皮、絲絹，手抄之卷，悉數亡盡，聖賢之智，都成飛灰。
在魯地曲阜，孔子後人孔鮒和數百民眾為了保住孔府大成殿，泣血上表嬴政太子扶蘇。扶蘇為孔鮒的真情所感，和他的老師淳於越一起麵見了嬴政，聲淚俱下地將焚書之痛麵呈於他。
嬴政派扶蘇去魯地本來是拆除大成殿的，沒想到扶蘇不但不拆，還反過來替孔鮒求情，暗指自己焚書不智。讀書人！這些耿直而迂腐的讀書人啊，竟然連他的太子都帶壞了！
嬴政的怒火徹底地被點燃了。可扶蘇畢竟是自己的骨肉，嬴政不忍殺他，隻將他發配到了北方和蒙恬一起戍邊；而淳於越就慘了，嬴政將他對讀書人的憤恨全部發泄在了身邊這個離他最近的讀書人身上。他下令：“殺！”
李斯和淳於越雖然政見不合，私下裏卻是知心知肝的兄弟，他怎麽能眼睜睜地看著兄弟死在自己麵前呢？於是，他跪求嬴政，放淳於越一馬。可是這一次，縱使李斯再怎麽巧言善辯，他也救不了淳於越了。