隻有將這些大佬們北遷，之後任用自己中意的官員掌控府縣，政商合一的東林集團才會沒了根本，勢必會逐漸消亡。
至於新的利益集團的誕生，在嚴格的監督機製製約下，很難再達到現在東林黨集團的規模和危害。
南京政府北遷的打算朱由檢誰都沒告訴，包括負責施工的外戚們，營造房舍也是打著京城擴建的旗號進行的，就算有人懷疑，也絕不會想到皇帝將來會有如此驚人之舉。
解散南京政權的想法肯定會受到京城重臣們的一致歡迎。對於南京政府這樣一個超然的存在，朝臣們心裏早就厭煩無比，但同時又無可奈何，因為大明自成祖一下的曆代帝王，雖然也有對南京不滿，但始終缺乏勇氣和魄力來打破這個朝廷的枷鎖。
南京各部寺的同仁們對朝廷的某些行文政策根本不屑一顧，無數次的直接打臉京城朝廷，擺出一副不服來幹的囂張嘴臉。
隻要朝廷打算懲處南京某一位部司高官，那就等於捅了馬蜂窩，立刻會有無數的彈章直送京城，各種謾罵攻擊隨之而來，最終京師重臣們不得不捏著鼻子收回承命。
至於兩京各部司合並後的各級主官人選，當然要采取北重南輕的方法，南京來的全部副之，但名稱上並未改變，大家都是重臣，最起碼的麵子還是要給的，但裏子就算了。
朱由檢打算采用新的官製：設立左右尚書。
比如吏部，現任吏部尚書周雲將會成為左尚書，將來合並過來的南京吏部尚書當然為右尚書，官職都是尚書，但在以左為尊的時代，大家都會明白誰說了算。
左右侍郎分別也是兩人，原先朝廷的左右侍郎全部為左侍郎，南京過來的兩個都是右侍郎。
明年南京政府北遷就先拿吏部下手，然後兵部、戶部、督察院這些重要部司一個一個來。