而李邦華對於京營的整頓也頗見成效，收回占役士兵一萬多人，清出虛冒數千。三大營十多萬人，又裁汰老弱近一半。
三大營之外還有三個預備兵營，每營三千人，軍餉跟正營相似，但是不操練武藝，曆來都是有權勢人家隱冒的寶地。
李邦華核減了四千多人，又裁減了一千多老弱士兵，上書奏請將預備營歸並進三大營，不再另設，朱由校全部允準。
三大營共有六名副將，往下又分為三十六營，大小軍官有三百六十多名。
朱由校命兵部下令，把全部軍官調入武學進修。然後從四衛營和勇士營，以及武學畢業生中挑選軍官暫代其職，並晉升周遇吉為三大營總兵。
但這還不算完，接下來，四衛營、勇士營、三大營合並重編。一為勇衛營，二為選鋒營，三為龍騎營，分別以孫應元、周遇吉、曹文詔統領。
這樣一番操作下來，朱由校算是把京畿軍隊完全掌握在手中。
最忠心的將領，最好的裝備，分文不少的軍餉，嚴格的挑選和訓練，這七八萬人的天子親軍將是朱由校最堅實的依靠。
京畿衛戍穩了，朱由校又開始把軍製改革推向九邊。
還是最簡單有效的手段，通過把各地軍官召進武學進修，朱由校逐步地把各邊鎮的主將進行了調換。
薊遼參將孫祖壽晉升大同總兵；老將楊肇基平叛有功，晉都督僉事加右都督，轉任薊州鎮總兵；建昌營參將尤世威晉升宣府鎮總兵。
還有武學畢業的尤世祿、戚顯宗、戚振宗，被分派到陝西，協助孫傳庭在榆林編練新軍。
這都是朱由校看好的忠勇武將，各帶一個五百人的火槍營分赴邊鎮，重整九邊軍鎮的計劃，正式開始實施。
而第二批召入武學的將領中，也有朱由校寄予厚望的人才。
象宣府遊擊金國鳳，山西遊擊楊國柱，寧夏參將楊嘉謨，萊州守備金日觀；榆林守備王世欽等。