就在孔有德整編軍隊的時候，身處登州的孫元化收到了王道純的信，得知了孔有德於吳橋兵變的消息，孫元化久久不語，他現在的內心簡直是崩潰的，簡直是禍不單行。
從自己接任登萊巡撫以來，破事不斷，前幾任登萊巡撫都沒遇到過這麽多事情，這一切都是從袁崇煥殺毛文龍開始的。
袁崇煥殺完毛文龍，將東江將士分兩部分，交由他的部下劉興治，和原東江副總兵陳繼勝管轄，而劉興治跟陳繼勝不和，發動叛亂，殺陳繼盛及劉應鶴等人，甚至還想渡海來打登州。
而這時候登州的大軍，都被張可大帶到北直隸，打入關的建奴去了，朝廷迫不得已，調關寧軍副總兵黃龍入皮島鎮壓。
今年三月，消停了一段時間的劉興治又開始作亂，殺參將沈世魁家眾，沈世魁率部夜襲殺死劉興治，劉興治這個禍害才被解決，亂了許久的東江總算是平靜下來了。
然而到了今年十月，耿仲裕的部將李梅私自通洋，然後被黃龍打入大牢，耿仲裕氣憤不已，率領所部軍隊以索要軍餉為名，包圍了黃龍的衙門，把黃龍押到演武場，將其腿打斷並且割去耳鼻，並要殺掉他，因諸將勸阻才沒有殺。
尚可喜得知消息後，率軍趕回皮島鎮壓兵變，斬殺耿仲裕和王應元等人，救出了被關押的總兵黃龍，本以為事情總算告一段落了，沒想到又起波瀾。
因為耿仲裕是耿仲明的弟弟，黃龍受到此等屈辱，雖已經斬殺耿仲裕，但還是不肯善罷甘休，上書彈劾耿仲明，說他是這件事的幕後主使，要求將他正法，順帶著也彈劾他孫元化用人不明，京師裏派來的欽差現在還在登州，正在查耿仲明是不是主使的事情。
而耿仲明也非常生氣，知道尚可喜殺了他弟弟，就準備帶兵去皮島，幹掉尚可喜，好為弟弟報仇，在孫元化嗬斥阻止之後，才放棄行動，不過看得出來，他還是沒有放棄這個計劃，孫元化也正為此苦惱。