提到揚州之事，此次史可法奉旨出麵調停高傑，為朱由崧武力削藩贏得了時機，也算功不可沒，朱由崧宣布從當日恢複其官俸，撤銷原來罰俸兩年的決定，但仍為兵部侍郎，兵部尚書一職仍由內閣首輔高弘圖兼任。
史可法覺得皇上真是一位功必賞，過必懲的明君，屈膝拜伏，感激謝恩。
然後朱由崧又重點提拔了幾個地方武官，第一個就是揚州的兵備道劉肇基，破格擢升其禦營統領，這次親征，他深感禦營力量的薄弱，偌大的帝王聖駕，火器營的缺失像笑話一般，很多時候還是依靠錦衣衛護駕，在京師皇上的安全當然由錦衣衛負責，但禦駕親征離開京師時，就得指望禦營了。
因此回京後他對禦營進行了擴充精編，調離羸弱，新增了火器營，配備銃炮等輕重火器。然後傳旨從京營兵、黃得功部層層選拔精壯將士充入禦營，擴充後的禦營將達到五千人的規模，現在禦營缺一個總兵官。
朱由崧就當庭宣布這一職務由劉肇基擔任，這次高傑泛兵揚州，功勞最大的當然是劉肇基，能以幾千城管之兵對抗高傑的五萬雄師，使高傑強行進駐揚州的陰謀化為泡影，保護揚州數萬民眾免受軍閥的掠擾，很好的配合了朱由崧的儀真伏擊戰，這功勞應該名垂史冊。
朱由崧還查了劉肇基的閱曆，發現此人也是曆史名將，祖籍遼東，出身將門，祖輩世襲指揮僉事。在抗壓民變的過程中升任遼東副總兵、總兵官。曾是薊遼總督洪承疇的部下，負責訓練寧遠諸營士兵。清韃子進犯錦州，劉肇基奉命抗清，曆史上，弘光政權建立後，劉肇基出任左軍都督，史可法督師揚州，劉隨軍出征，清軍破揚州，劉肇基力戰殉國。
可見這是一員治軍幹練的忠貞之將，將禦營交由此人訓練統管正合適。
然後朱由崧又破格提拔了江陰的三位典史，唯任閻應元為京營提督，陳明遇為京營兵僉事，馮厚敦為京營兵主薄。