接著朱由崧開始調兵譴將了，當即傳旨從京營兵抽調四萬，從附近的鳳陽、泗州、揚州、鎮江、滁州、和州、蕪湖等地抽調三萬，從操江水師抽調五千組成水師營，加上五千禦營兵，連同馬步軍一共是八萬大軍征討左良玉。
讓鄭鴻逵統兵一萬為先鋒營，剩餘的六萬人馬組成馬步營，加上五千禦營由朱由崧親自統領，劉肇基作為馬步營副統領兼禦營統領，還有五千水師營交由鐵臂蒼龍賀兆雄指揮，沿江而上，朱由崧的計劃是水陸並進。
現在的操江水師也今非昔比，由原來的一萬餘兵馬發展至一萬三千餘人，這主要是綠柳山莊接受朝廷招安以後，山上兩千多名莊兵全部編入操江水師的緣故，老英雄賀兆雄也在水師中任指揮使，現在朱由崧傳旨把這兩千多莊兵全部抽出，又從操江水師抽出兩千多精銳，合在一起共五千人交由鐵臂蒼龍賀兆雄統領，任命操江水師的僉都禦使海盜出身的鄭彩為水師副統領，賀宣嬌、柳春紅等作為參將偏將一起隨水師一起出征。
這次禦駕親征與以往不同，朱由崧不知道多久戰事才能結事，參考曆史上的大事時間表對京師做了周密部署，不能棋勝不顧家，讓閻應元帶領六萬京營、操江水師提督尚有八千水師配合，負責京畿一帶的安全，錦衣衛都指揮使祖海統領萬名錦衣衛負責維持京師百官秩序，朱由崧把京師軍政事務臨時由交給內閣首輔兼兵部尚書高弘圖和大學士王鐸負責，京師的兵備事宜當然由劉孔昭主事，讓兵部、戶部和禦馬監緊密配合，十日之內八萬大軍必須完成集結，所須糧草軍餉也須齊備，朱由崧決定十日後起兵。
今年武科取士的九名中榜者，目前隻有鄭大木一人在京城，因此朱由崧這次決定帶著他一起征討左良玉，也好讓這位曆史上的民族雄走出校門先到戰場上曆練一下。