正所謂福無雙至，禍不單行。就在北信濃的局勢愈發嚴峻的同時，北陸道的越中、能登等國也開始有了不穩的跡象。
雖然畠山義續在以溫井總貞為首的重臣的擁立下順利繼承了匠作畠山家的家督，但同時也引發了一門親族之中的畠山駿河守、畠山九郎、畠山勝禪寺等人的不滿。
他們都一致認為畠山義續是次男，而且完全沒有任何經驗，家督的人選理應在前任家督畠山義總的幾個弟弟之間選出合適的人來擔任。
正因為畠山義續的經驗不足，所以才導致家中大權被溫井總貞等少數重臣所掌握。同時也導致了匠作畠山家的一門親族眾與重臣們產生了對立。
由於先前波及整個北陸道的水患，能登四郡受災的情況也非常嚴重。畠山義續在繼承家督之後不得不對整個能登四郡發出德政令，以此來減輕領民的負擔。
但是匠作畠山家綱紀馳廢，家臣專權，內訌更是相繼而起。不光光是家中重臣們驕橫跋扈，執掌能登四郡的大權。就連畠山義續本人的所作所為也有不少過失之處，使得家臣們和治下領民極為不滿，可謂是怨聲載道。
然而，身為匠作畠山家一門眾筆頭的畠山駿河守卻趁著匠作畠山家正值危難之際，勾結加賀一向一揆攻入了能登。他意圖借助加賀一向一揆的力量來擊敗溫井總貞等重臣，從而得以取代畠山義續，自己來繼承匠作畠山家的家名。
加賀一向一揆本來就意圖在能登、越中兩國擴大影響力，盡可能的讓當地領民信奉一向宗。特別是在畠山駿河守許諾以羽咋郡一郡之地割讓給加賀一向一揆後，杉浦玄任、超勝寺實顯、光德寺乘賢、下間壽法等加賀一向一揆首領們在商議過後沒有將此事告知總本山，就擅自做主同意協助畠山駿河守等人出兵能登的請求。
天文十六年，七月十六日。畠山駿河守、畠山九郎、畠山勝禪寺等人的五百餘軍勢加上加賀一向一揆的六千餘援軍，裹挾著殺氣攻入了能登羽咋郡。