話說藍大順到達寶雞，不想繼續西行，決定“明修棧道，暗度陳倉”。他自己率軍沿漢江悄悄東下，藍二順、藍三順、藍九順進攻鎮安、山陽、離南，起義軍步騎沿著大路東下，十日不絕。
朝廷廷議時，不少大臣認為陝西巡撫瑛棨辦事拖拖拉拉，讓起義軍在三秦任意妄為，治軍治民無方，不能勝任。
朝廷下詔詢問四川總督駱秉章何人可以擔任陝西巡撫。駱秉章回答說劉蓉才能出眾，可以勝任陝西巡撫。
劉蓉越三級提拔使用，被朝廷任命為陝西巡撫，一時輿論嘩然。
同治三年，順天府尹蔣齡向吏部遞折，說劉蓉驟升陝西巡撫，不符合朝廷用人製度。
劉蓉獲知後，向朝廷上奏折請求罷去官職。駱秉章也向朝廷上奏折，請劉蓉留任。
此時，欽差大臣、大將軍多隆阿從安徽到陝西平定叛亂，走到河南染病，不能西進。伊犁將軍李雲麟的母親去世，丁憂回家，駱秉章奏薦劉蓉代領其軍。
朝廷下詔，讓四川總督駱秉章派一支軍隊給劉蓉率領，增援漢南。
七月，劉蓉命令支援陝西的朱南桂、何勝必、蕭慶高等率一萬三千人出兵漢中。
漢中是陝西重地，川中藍大順、李短搭的部隊與陳玉成的餘部會師以後，又與當地盜匪一起，圍住漢中，日夜攻打，又在城外四處修築營寨圍困漢中。
漢中知府胡世恭、道台王象臣先後病死，漢中城中官員還有都司張學烈、總兵郎天祚、南都縣令李師孟等數人，這些官員相互猜忌，不能在一起共事。城外許多人為了躲避戰亂，進城躲避，漢中城內糧食短缺，瘟疫又起，每天死亡數百人。
四川、湖北支援漢中的兩支人馬先後染上瘟疫，所部將領都十分後悔進入漢中，相互指責對方。
漢中守軍頻頻出戰，援軍已到城外，不能組織有效進攻，大家都在等待新任巡撫劉蓉前來統帥三軍。