1947年2月1日，中共中央在政治局會議通過的《迎接中國革命的新**》文件中宣告：“目前各方麵情況顯示，中國時局將要發展到一個新的階段。這個新的階段，即是全國範圍的反帝反封建鬥爭發展到新的人民大革命的階段。現在是它的前夜。我黨的任務是為爭取這一**的到來及其勝利而鬥爭。”
作為中共中央軍委副主席，周恩來肩負起協助毛澤東擘畫和指揮一場偉大的人民解放戰爭的重任。
就在周恩來回到延安整四個月的時候，1947年2月18日，蔣介石派胡宗南部隊分五路進攻陝甘寧邊區的關中分區。氣勢洶洶的胡宗南計劃一直要攻到中共中央的眼皮子底下──延安。孤注一擲的蔣介石於2月底親自從南京飛到西安，召集在西安的軍政大員，部署進犯延安和陝甘寧邊區的軍事行動。
為爭取主動，中共中央決定暫時撤離延安，留給驕狂自大的胡宗南一座空城。
撤退前，周恩來作了周密的部署，他還親自到棗園、楊家嶺和清涼山檢查各機關轉移和群眾疏散的情況。直到3月18日下午，敵人越來越近了，仍在辦公室辦公的毛澤東都能聽到手榴彈的爆炸聲和敵人的槍聲。周恩來與毛澤東從容地在窯洞中吃了晚飯，才最後撤離延安，開始了轉戰陝北一年多的曆程。
戰爭，既是實力的較量，也是智慧的較量。中央軍委和各野戰軍采取的一係列措施，使國民黨軍始終摸不清楚中共中央和各野戰軍司令部的確切住址。
3月29日，中共中央到達清澗縣的棗林溝，在這裏召開了政治局會議，會議決定：毛澤東、周恩來、任弼時留在陝北，主持中共中央和中央軍委工作，堅持指揮全國各戰場的解放戰爭；劉少奇、朱德、董必武組成中央工作委員會，由劉少奇任書記，東渡黃河，到華北解放區，進行中央所委托的工作；葉劍英、楊尚昆、李維漢、李克農等組成後方委員會，葉劍英為書記，到晉西北解放區負責後方工作。根據會議決定，周恩來會後立即進行緊張的組織工作。