在芝加哥的西北大學，斯蒂芬·沃林斯基博士分析了在他治療最成功的病人身上發現的病毒基因。他的發現是非常糟糕的：病毒總是存在，而且似乎隨著時間的推移會發生變異。
“病毒還沒有消失—它還在那裏很多年。所以問題是，這是一個進化的問題嗎？是否存在正在進行的複製？為什麽我們總是看到（病毒）RNA？病毒告訴了我一些東西，但我還沒有聰明到能看到它，”沃林斯基聳聳肩，“天要塌下來嗎？”
“會嗎？”他被反問道。
“我希望我知道。”他做出結論。換句話說，免疫缺陷病毒是否與後來被稱為耐甲氧西林金葡菌、耐萬古黴素腸球菌等細菌一樣，也同樣經曆著公共衛生的悲慘境遇？
賓夕法尼亞州西點市默克研究實驗室的負責人埃米利奧·埃米尼曾經很看好雞尾酒療法，在1999年，她也同意這一觀點，即艾滋病病毒在看似有效治療的患者中的複製和變異是“毫無疑問”的。1999年，艾滋病病毒科學家們達成了一個共識：艾滋病病毒會繁殖和變異，定期出現。
“我們從一開始就說這是一種令人討厭的小病毒，”埃米尼堅持說，“我的基本希望是，我們最終能夠在這裏真正地注射一種疫苗。”
與此同時，同性戀作家、紐約著名活動家米開朗琪羅·希諾裏爾說，在少數人的科學圈子之外，一種大規模的否定已經開始。“人們感到憤怒……憤怒於我說艾滋病沒有消失。人們指責我製造恐慌，歇斯底裏。人們羞於談論藥物對他們不起作用的事實，甚至羞於談論他們的愛人最近死於艾滋病。因為那種失敗感。”
到1999年年底，越來越多的證據表明，這種對希諾裏爾所宣稱的事實的否認導致了同性戀群體中不安全性行為的複蘇，對公共健康構成了潛在的威脅。