乾道二年（1166 年）秋天，崇安一年一度的雨季又來臨了。以往每到此時，崇陽溪就會漲水，河麵變寬，但卻不至於為害。可是，這一年形勢卻很嚴峻，洪水源自高山，裂石夾土，洶湧而下，衝毀道路，淹沒田地。山穀中積石遍地，房屋坍塌，死傷達百人之多。
受災最嚴重的是寺溪、鬆木、長澗、楊林四地，大水把房屋用具、家禽家畜衝卷得無影無蹤，百姓死傷不知其數。恰在此時，州府傳檄他這個小小祠官和有名無實的武博士，同縣官一起參與賑恤事宜。林用中也要隨行，但是朱熹說：“潭溪也漲了水，紫陽樓也很危險，你就留下來幫為師照顧一門老小吧，這副擔子也不輕啊！”
朱熹並沒有直接去縣裏，他打算先到受災最重的地方去了解災情，然後有針對性地提出賑恤措施。此時，暴雨不絕，洪水仍在不斷上漲。他帶著竹竿，披著蓑衣，挽著衫擺，拄著木棍，一步一步地在淺水中探路而行。
進入寺溪地界，隻見僅存的房舍全都浸泡在水中，隻露出一個個人字形的屋頂。洪水還在肆虐，不時有房屋被衝垮，露出水麵的屋頂慢慢沉入水中，然後被洪水卷走。男女老幼都聚集在水中高地上，看著自己的家園被毀，親眼望著來不及逃離的親人或鄰居被洪水卷走，一個個放聲悲號……
禍不單行，在乾道三年（1167 年）春夏交替之際，崇安又遭受到了一場大的饑荒。當時的知縣是諸葛廷瑞，他請求朱熹能夠同他一起救助災民。朱熹在裏中積極奔走，他與鄉人劉如愚到當地富家豪民那裏，挨家挨戶勸說他們將多餘的存糧平價賣給災民。但是，富家的糧米快散盡了，當地的災情依然嚴重。
朱熹意識到，僅依靠富家的糧食是不夠的，還需要依靠更大的力量。他們決定向建寧府借糧救災。建寧知府了解了崇安的災情之後，在當天便撥下了六百石糧食。朱熹率領鄉人將這些糧食按人頭發下，還對接濟的人口進行了登記，這樣崇安的災情才有所緩解。