在《時務報》的繁榮盛極之時，人們所不知道的是，它其實也暗藏著隱患。其原因是主要人員的政治見解不同，所以報館內部矛盾日漸顯現。
要說矛盾的根源，要從《時務報》創辦之初講起。在幾個創辦人之中，梁啟超與汪康年時有摩擦，黃遵憲與汪康年也素有嫌隙，爭議不斷。他們的矛盾與分歧，總的來說，是洋務派成員與維新派成員的鬥爭與分歧。
l895 年11 月，康有為在上海成立了強學會之後，維新變法的聲浪也逐漸加強，堅信保守的“中體西用”洋務指導思想的張之洞，為了標榜自己並非落伍、過時之人，表麵上猛追維新之“浪”，猛趕改革之“潮”，表示支持維新派組織強學會的活動，但是在思想上還是十分迂腐的。
在南北強學會均遭查禁的時候，維新人士計劃利用上海強學會剩下的餘款，籌辦一份報紙，也就是後來的《時務報》。
對此計劃，黃遵憲特別支持。他表示：“憤學會之停散，謀再振之，欲以報館為倡始。”於是，就由黃遵憲、汪康年、梁啟超、鄒淩翰、吳德瀟五人出麵簽名，發出“公啟”，向社會宣告《時務報》誕生，並由梁啟超擔任主筆，汪康年任總經理。
不過，在最初討論《時務報》辦報宗旨時，幾個辦報人就出現了不可調和的矛盾與分歧。
汪康年主張“以廣譯西報為主”，其他成員也主張少登議論性的文章，而多登翻譯文章或記敘之類的文章，盡量不要發表自己對社會、對問題的看法，並提出“要兢兢業業為之，不要轟轟烈烈為之”。
黃遵憲顯然也主張言論不能太過激，但是絕對不能把《時務報》辦成“譯報”。
梁啟超則認為，辦報紙就應該讓報紙成為除舊布新、啟迪民智的武器。辦報人有責任向國人介紹日本和西方先進國家的曆史、風物人情、科技發展、法令製度，並發表自己的見解、評論和主張，隻有這樣才能把《時務報》辦成一份受到人們歡迎的、充滿朝氣的刊物。