1498年 5月底，哥倫布開始他第三次的航海。不過，這一次的人員和物資籌備工作進展得十分不順利。大家都得知哥倫布發現的新陸地，僅是在溪流裏發現金沙，卻沒有大塊的黃金，人們認為不值得去吃苦冒險。許多人受了謠言的影響，把哥倫布看做是冷酷無情、私心很重的人，不敢跟隨他。因此，主動參加的人寥寥無幾，後來隻好靠政府的力量把一些犯人編列進去，才勉強湊足人數。出航的那天，碼頭上冷冷清清的，跟他凱旋回國時的熱烈情景不可同日而語。
可是，哥倫布依舊剛毅不屈，並未因此而沮喪，他一心要去發現黃金之國，並積極地建設新殖民地，以報答女王的知遇之恩。
在這次航海中，哥倫布又發現了一個島。他越過南美洲大陸，一路往伊莎貝拉市駛去。
島上的伊莎貝拉市和新建立的聖多明各市，分別由迭戈和巴托洛梅兩人治理。但貴族們在島上胡作非為，把土著們當做牛馬般地驅策役使，財富則吞入私囊。哥倫布弟兄如果偶爾有些小過失，貴族們就誇大其詞地蓄意渲染，寫信向國王和女王打小報告，極盡毀謗、中傷之能事，把一切過錯歸咎於哥倫布一人。
起先，西班牙國王和女王對這些誣告不為所動，但時日一久，讒言越來越多，他們也不能再置之不理了。於是，斐迪南國王派了一位名叫鮑巴吉裏亞的貴族隨哥倫布同行，並對哥倫布所管理的島嶼進行調查。
哥倫布知道他與國王和女王平起平坐的日子一去不複返了。如今他病魔纏身，飽受非議，唯一值得信任的兩兄弟還遠在他鄉。
1500年 8月，鮑巴吉裏亞到達聖多明各市後，還沒有著手調查，就宣布自己是奉了國王之命前來拘捕哥倫布的。他先下令把迭戈和巴托洛梅扣押起來，哥倫布聞訊後立刻趕來，他責問鮑巴吉裏亞為什麽扣押他的兩個弟弟。鮑巴吉裏亞冷笑著回答：“有人控告你企圖將此島占為己有，而且對待土著暴虐殘忍。如今我奉了國王之命來拘捕你，將你押解回國，接受製裁。”