1873年，弗洛伊德以極高的分數考入維也納大學醫學院。進大學後不久，弗洛伊德就覺得有些失望了。周圍的人因為他是猶太人而疏遠他，使他置身於不受歡迎的處境。但弗洛伊德從不為自己的出身感到羞恥，他認為對於一個積極者來說，不管別人怎麽排擠，仍舊能找到自己的立身之地。這對年紀輕輕的弗洛伊德來說並不是件壞事，他深刻體會了被大多數人壓製的命運，這為他以後獨立判斷力的形成打下了一些基礎。
同時，進入大學使他有許多選擇的餘地，因為這裏不僅訓練希望成為醫生的人，也同樣致力於訓練進行研究工作的人。弗洛伊德有很長一段時間不明確自己要走上哪條道路。他不停地探索，全神貫注於一些學科，以及研究一些很有收獲的理論。
第一學期，弗洛伊德每周要上23小時的課，其中有12小時是解剖學課，6小時是化學課。另外，還要進行這兩門課程的實習和實驗。第二學期，上課時間增加了5小時，上課的科目包括解剖學、植物學、化學、顯微鏡實習和礦物學。此外，他還選修了由動物學家克勞斯主講的“生物學與達爾文主義”課，以及恩斯特·布呂克教授主講的“語態和語言生理學”課。布呂克教授是弗洛伊德在學習和研究方麵的最重要的一個導師。
弗洛伊德在第三學期選擇了弗蘭茲·布連坦諾的哲學課。布連坦諾教授的哲學課對弗洛伊德的重要性不能一筆帶過。他是奧地利的天主教哲學家，推崇中世紀托馬斯·阿奎那所歪曲和改造了的亞裏士多德主義，他也是經院哲學的信奉者。布連坦諾的哲學在當時和以後都對西方哲學和心理學界產生了很大的影響。弗洛伊德本人的哲學觀點和心理學研究方法雖然有其獨特的風格，但也在很大的程度上受到了布連坦諾的影響。弗洛伊德在連續三年聽布連坦諾哲學課的過程中，始終沒有停止過對別的哲學派別的研究。