北伐失敗後，鄭成功退到廈門，重新修理船隻、製造武器、整編軍隊，想重新組織兵力反攻回去。和鄭成功作戰了十幾年的清軍，對他的個性摸得很清楚，斷定他還會再度舉兵進攻的。因此打算先行下手，徹底地消滅鄭成功在廈門的勢力。
當年三月，清政府命安南將軍達素統率大軍，另派施琅、黃梧在浙江、福建、廣東沿海集結軍隊待命。五月十日，清軍從漳州和泉州兩港出發攻打廈門。鄭成功親自率領將士在海上和清軍作戰，結果清軍慘敗，安南將軍達素引咎自殺。
自從清政府實行遷界政策以後，鄭成功從沿海各地，已經沒有辦法得到糧食和其他物資了，鄭家軍出現了嚴重的物資危機。北伐南京的失敗，致使鄭家軍損失慘重，必須找個根據地休養生息。這時，鄭成功想到了父親年輕時曾經避難到過的一個地方，就是位於福建東南方領土廣闊的海島台灣。台灣在明天啟四年（1624年）被荷蘭殖民主義者霸占了。鄭成功以前就想把它收複回來，但是一直與清朝作戰，根本沒有剩餘的兵力與荷蘭殖民主義者作戰。更重要的一點是，鄭成功壓根對台灣的地形、環境都不了解，不能製定正確的作戰方略。但目前的形勢對鄭成功而言，收複台灣是迫在眉睫了。
恰好這時發生了一件事，讓鄭成功解決了這個難題。當時占領台灣的荷蘭總督揆一，派一個叫何斌的中國人來見鄭成功，希望能和鄭成功通商，鄭成功答應了。而後鄭成功委托何斌在台灣收稅，結果這件事被荷蘭殖民主義者知道了，逼著何斌把所有的稅都交還給荷蘭殖民主義者。這件事使何斌非常生氣，因此他就偷偷地畫了台灣的地圖，圖上有良田萬頃以及各條河流的小道，還有許多森林樹木。何斌把地圖帶到廈門獻給鄭成功，勸說鄭成功攻打台灣。他說，台灣領土廣闊、土地肥沃，可以生產足夠的糧食，而且森林樹木品種繁多，可以作為造船的材料。況且你父親過去曾在台灣居住過，那裏就相當於是你的故土，如果你能夠占領台灣，就能解決鄭家軍的糧食問題。而且台灣四麵是海，清軍處於劣勢無法前來攻打。你還可以從事國際貿易，自給自足，這樣你的實力必然大增。鄭成功聽了他的建議，非常高興，就開始認真考慮以台灣為根據地的可行性。