拜見隆武帝後，鄭成功被任命在福州管理軍務。一年裏，他主要負責軍中的多項重要任務。後來又奉命把守江西、福建交界的大安關。這位充滿雄心壯誌的年輕指揮官，希望能積極地反攻，收複江西。當時長江一帶已經失守，清廷命洪承疇總督軍務，全力殲滅南方的抗清勢力。
仙霞關在浙江、福建的交界處，是防止清兵勢力南下的第一道防線。當時由鄭成功的叔叔鄭鴻逵把守，由於他表現不佳，最後改由鄭成功鎮守。
此外，鄭成功還向隆武帝積極獻策。首先要守住重要關口，防止清軍南進，但這是消極的目標；另外要練兵選將，化消極的防守為積極的進攻，以水陸兩軍合攻；在軍費籌措方麵，要以商養戰，借貿易往來的盈餘補給戰爭所需。
鄭成功這種策略，以現代的眼光來看，他的思想不但積極，而且很有前瞻性。他有這樣長遠的軍事思想和戰略方針，一方麵是他的天賦所為，另一方麵與父親鄭芝龍在商業的發展上含有很濃的國際色彩是分不開的。
隆武帝雖然很讚成鄭成功的想法，但是最後他卻做了一個錯誤的決定，他沒有前往沿海，反而朝內陸的方向逃避，結果不幸蒙難。
隆武二年（1646年）三月，鄭成功的軍隊鎮守仙霞關時，皇帝賜他尚方寶劍，他終其一生都珍藏不用。
六月間，他接到母親得病的消息，想到母親不遠千裏從日本趕來中國，自己卻因國難在身，無法在身邊照料她，心中悲痛不已。“是水土不服？還是思兒成疾？或許兩者兼而有？”鄭成功腦海裏出現了一連串的問號，他心急如焚，卻沒有辦法。他和自己的母親幾乎有十六個年頭都沒有見過一麵。
因為局勢緊張，鄭成功考慮了很久，終於含淚懇請隆武帝準他回家探母。母親從日本來探望他，他不僅沒親自去迎接，到現在連一麵都沒見到。母親生病了，鄭成功無論如何都想回去見母親一麵。皇帝非常同情鄭成功的一片孝心，因此就答應了他請假探母。