隆武二年（1646年），福州已經是清政府的勢力範圍。隆武帝逃往汀州時被捕，為避免受辱和對國破家亡的絕望，他絕食而亡。南明朝的最後一個皇帝明昭宗在肇慶即位，改元永曆。永曆帝封鄭成功為威遠侯。
麵對明朝即將徹底滅亡、父降母喪的慘狀，年僅20多歲的鄭成功，強忍心中之痛，決定要重組父親在福建沿海一帶的軍力，東山再起。此後的五年是鄭成功奠定實力基礎的五年，也是他武力最強盛的五年。
重組父親昔日的舊將可謂困難重重。當時跟隨鄭成功的隻有平時和他要好的一些朋友，而鄭芝龍的部下，因為鄭芝龍已經投降清政府，大都觀望不前，不知何去何從。一時之間，鄭家在海上的勢力幾乎分崩離析。這些舊將還是希望有個帶頭人將他們聚合起來，重振鄭家勢力。
正在大家舉棋不定、群龍無首的時候，鄭成功以敏銳的眼光、果斷的智謀，用反清複明的口號，將父親這些昔日的舊將重新召集了起來，重新組建了強大的鄭家軍。同時，他在南澳又召集到幾千人。軍隊組建起來了，但是新的問題出現了，就是如何籌集糧餉。如此龐大的鄭家軍，需要足夠的糧餉和補給，可這個時候的鄭成功根本沒有力量養活這樣一支龐大的軍隊。他翻來覆去想了很久，最後把希望寄托在了日本人的身上，希望得到日本政府的幫助。後來，他利用中日商船貿易的盈餘，暫時解決了軍餉的問題。實力大增後，鄭成功名聲大振，周邊的殘餘勢力都來歸附於他，就連許多明末的宗室和餘臣也都跑來依附他。這樣，他的軍事實力就更加強大了。不久，鄭成功在烈嶼（小金門）以“忠孝伯招討大將軍罪臣國姓”之名誓師反清。這一次的戰役先勝後敗，雖然不大理想，可是鄭功成的軍威卻因此而提高了不少。