1568年，在諸國漂泊的將軍足利義昭來到岐阜。同情他並且擁護他的信長，於9月率軍3萬，向京都出征。德川家康也參加了這一隊伍。
3萬兵馬高舉旌旗，長槍如林，浩浩****向京都行軍。京都的鬆永及三好兩黨聽到這個消息之後大為驚恐，立即向信長求和，信長答應了。
信長一到京都，立即隨同將軍到皇宮晉見天皇。由於連年戰亂，天皇多年沒有獲得諸國的貢奉，皇宮一片蕭條，宮門破舊，屋宇傾斜，庭園荒蕪。元月裏，天皇居然連年糕都不夠吃，公卿們更是衣服襤褸。
信長看到這一副慘淡的景象，立即親自畫好宮殿設計圖，命令3萬部下大興土木，又下令諸侯歸還奪去的朝廷領地。不到一年之間，信長就恢複了朝廷的氣象，於是任命木下藤吉郎秀吉為京都守備，自己返回岐阜。
京都守備是非常顯赫的職務，秀吉對信長大為感激，誓言維護京都和平。秀吉認為欲保京都安泰，守軍必須以身作則。於是下了一道軍令，嚴禁盜竊與侵擾人民，違者一律斬首。他認為勝兵易驕，所以對部下管理特別嚴格。
一天晚上，一位士兵在酒店喝酒之後，不付錢就離開。店主追上來請求付錢的時候，遭到士兵的毆打。巡視中的蜂須賀彥右衛門正好路過，於是立刻將其逮捕。聽了報告的秀吉斷然下令將其斬首，並將該首級置於京都繁華大道，曝示7天。京都居民異口同聲地說：“守將木下樣，處處為人民著想，對自己部下的罪行也絕對不寬赦，真是公正的好官！”
正因為有如此嚴格的軍法，木下軍軍紀良好、守備嚴密，使得伺隙蠢動的三好及鬆永兩黨無機可乘。秀吉鎮守京都的幾年之間，從未發生兵火之亂。
1570年，信長37歲，秀吉35歲。這年4月，一向不服信長的北國越前的朝倉義景，開始反抗了。