阮元等人一路東行，很快在天津見到了許兆椿，與他交接了漕運總督印信之後，阮家行船便也與暫留天津的許多漕船一道南下。至十月份，阮元一行終於抵達淮安，也住進了漕運總督部院之內。
淮安在清中葉時，正處於運河和黃河交匯之處，南方六省漕船，俱要從此北上，而南河總督所駐之處，就在淮安府城之北的清江浦，是以運河之上，從來船行如織，往來不絕。而數以萬計的船隻過境，也讓淮安商賈雲集，店鋪林立，以供漕幫歇腳飲食之用，更兼淮安地處淮鹽產區與揚州之間，也有不少鹽商往來城中，更使得淮安食宿衣著之繁侈，幾與揚州一般無二。嘉慶《一統誌》所載淮安全府人口，已達一百六十三萬之數，《淮安府誌》亦有言曰：水陸之衝，四方輻輳，百工居肆，倍於土著。淮安此時繁盛之景，可見一斑。
漕運總督府位於淮安府城正中鎮淮樓之北，亦是曆史悠久，自元朝之時，便為肅政廉訪司所在，明初為淮安衛，萬曆時移漕運總督於此處，至清不變。經過百年擴建，這時漕運總督部院除了大堂、大樓、後廳等正堂，亦有書吏房二十餘間，兵勇房三十餘間，氣象森嚴，不下各省巡撫部院。阮家諸人見了漕督部院這般氣象，也自然連連讚歎。
“沒想到啊，過了三年，夫子又可以出鎮一方了。這總漕部院看著啊，卻也和巡撫部院一樣呢。”孔璐華對阮元說道。
“是啊，漕運總督本來官品就同於巡撫，隻不過職分之上，略有不同罷了。”阮元也點了點頭，不覺感慨道：“三年了啊……既然來了這淮安，也總要對得起這個漕運總督之職啊。”
“夫子還是一樣呢……不過眼下漕船都回江南去了，夫子就算想做些什麽，現在也不是時候啊？”
“怎麽不是時候了？夫人，我來的時候可就聽說了，江西有十艘漕船，因水患遲延了數月，如今方到淮安，正想著將漕糧暫時留在這裏糧倉，待來年一並北上呢。我這就去看看，或許啊，能尋出些頭緒呢。”看起來阮元對於這次外任漕督，早已做好了準備。