從“刺宋案”發生，到武士英離奇死亡，前後共計一個月的時間。
在這一個月裏，一件凶手被緝、證據確鑿的並不複雜的刺殺案，卻越審越亂，始終沒有審出一個確切的結論。
雖然庭審沒有得出確切結論，但國民黨方麵卻抓住這段時間，通過真假難辨的輿論宣傳，將“刺宋案”的幕後主使指向袁世凱。
袁世凱的確有刺殺宋教仁的動機。
宋教仁組建國民黨，主張政黨內閣，矛頭直指袁世凱，袁世凱自然是知道的。第一次國會選舉結束後，選舉的結果是國民黨大獲全勝，這對袁世凱無疑是一個沉重的打擊，因為國民黨若以合法手段取得政權，將會極大地限製他的總統權力。為了收買宋教仁，袁世凱曾托人贈五十萬元給宋教仁，但宋教仁卻全數退回。收買不成，繼而采用極端的暗殺手段，將政壇勁敵除去，這在邏輯上是說得通的。
除了動機，袁世凱被懷疑為“刺宋案”的幕後主使，還有相關的實物證據。
應桂馨與洪述祖的往來電報從應桂馨的家裏被搜出，也在上海電報局找到了底稿。電報上的內容每一條都與刺殺宋教仁有關，而洪述祖則是內務部秘書，是國務總理趙秉鈞的人，也即是袁世凱的人。在應桂馨發給洪述祖的電報中，多處出現“乞轉呈”“望轉呈”等詞，顯然洪述祖不是此案的幕後主使，在他的背後還有人，而站在洪述祖背後的人，便是趙秉鈞和袁世凱。
既有動機又有證據，上海各界輿論，自然把矛頭直指袁世凱。
不過此案卻有諸多顯而易見的疑點。
譬如說，武士英刺殺宋教仁之後，為何不逃之夭夭，反而躲進應桂馨家裏？他為何不扔掉行刺用的六響手槍，反而一直留在身邊，甚至連剩餘的三顆子彈都沒有取出？應桂馨明知武士英是凶手，為何不將武士英送走，反而將武士英留在自己家裏？他與洪述祖的往來電報，是證明他乃幕後凶手的唯一證據，為何不直接銷毀，反而一直保留？舉報第一條線索的六野旅館的旅客，為何不向巡警總局或地方檢察廳舉報線索，反而直接向國民黨方麵舉報？他在舉報線索之後，為何不去領取各方懸賞的賞金，反而就此消失，沒了蹤影？