民國二年七月十二日，在孫文的指示下，李烈鈞於湖口召集舊部成立討袁軍總司令部，正式宣布江西獨立，並發表電告討袁，南方各省紛紛響應，宣布獨立，組織討袁軍，二次革命正式爆發。
僅僅十天之後，七月二十二日，江蘇討袁軍便在徐州地區會戰失利，不得不退守南京。同一天，上海方麵戰事打響。
武士英離奇死亡後，應桂馨一直被關押在六十一團兵營的監獄裏，直到二次革命起兵時，仍未定讞。上海戰事一開打，六十一團便要奔赴前線，被關押在兵營裏的應桂馨，自然無人看管。
陳其美是二次革命在上海方麵的主要策劃人，他的高級副官周陔南向他請示，說“刺宋案”的要犯應桂馨還關押在兵營監獄裏，一旦打仗便會無人看管，要不要提前將他明正典刑，立予槍決。
陳其美思慮片刻，搖了搖頭。
這一搖頭，就等於放了應桂馨一命。
二十四日深夜，南北兩軍混戰，上海一片混亂，應桂馨趁機從無人看管的兵營監獄裏逃脫。
越獄後的應桂馨，立刻逃往青島躲避起來。
彼時南北開戰，局勢尚不明朗，應桂馨之所以選擇在青島躲避，是因為青島地處南北之間，既可北上也可南下，必要時還可乘船出海，避居海外。
九月一日，南京被張勳率軍攻克，孫文、黃興、陳其美等人逃亡日本，南方各省紛紛宣布取消獨立，二次革命就此失敗。
十月六日，國會選舉袁世凱為第一任正式大總統。不久後，袁世凱以“叛亂”罪名，下令解散國民黨，並驅逐國會內國民黨籍議員，國會由於人數不足而無法運作，很快即被解散。袁世凱就此集大權於一身。
見國民黨失勢，應桂馨立刻在青島顯露行跡，公開發表希望能“平反冤獄”的通電。在電文中，他指出國民黨此次掀起所謂的“二次革命”，實為叛變，宋教仁乃國民黨黨魁，“為主謀內亂之人，實為禍首”，“武士英殺賊受禍，功罪難平，請速頒明令平反冤獄”。應桂馨的這番話雖是詭辯，但也算是邏輯清晰。北京政府認定國民黨“叛亂”，通緝孫文、黃興、陳其美等國民黨領導人，宋教仁作為國民黨魁首，自然也是亂黨賊子，應桂馨和武士英刺殺宋教仁，那就是殺賊有功，所以應桂馨公開發表通電，要求北京政府平反冤獄，甚至說道：“伏求迅頒明令，平反斯獄，朝聞夕死，亦所欣慰！”