比爾·蓋茨雖然進行了頗有成效的視窗宣傳大戰，但是微軟的Windows係統的開發者們卻知道在發布會上演示的其實是類似於錄像帶的東西，他們的產品即使到了1984年也不可能推出。
比爾·蓋茨為了能抓住和蘋果公司合作的機會，曾經和蘋果公司簽訂過合作協議，為他們開發應用軟件。由於蘋果公司一邊開發自己的硬件產品——麥金托什計算機，一邊開發自己的軟件產品操縱係統，而當時的微軟也在開發操作係統，也就是說，雖然在應用軟件上微軟和蘋果公司當時是合作夥伴關係，但在操作係統上兩個公司其實是競爭對手。所以，微軟在為蘋果公司開發軟件時簽訂了保密協議。協議規定在蘋果公司為麥金托什計算機推出操作係統之前，要求微軟公司的開發人員對應用程序接口保守秘密。因為微軟公司為麥金托什計算機開發應用軟件必須要接觸到它的應用程序接口。為了遵守微軟和蘋果公司之間的協議，比爾·蓋茨將微軟為麥金托什開發應用軟件的工程師和開發視窗係統的工程師分開，並且把開發麥金托什計算機應用軟件的工程師辦公室的窗戶糊上了紙，鎖上了門，以防止工程師之間互相交流。
1984年蘋果公司推出了麥金托什計算機後，在世界範圍內引起了轟動，《紐約時報》稱蘋果公司的麥金托什計算機是計算機界的一次革命。這時微軟和蘋果公司的保密協議已經到期，禁令也被取消了。在蘋果的麥金托什計算機投入市場後，蓋茨馬上派人買回來一台，並對麥格雷戈說：“我們已經為蘋果公司開發製作了三個應用軟件，我需要你們把這些軟件都用在Windows上麵。”蓋茨認為這樣微軟就不需要分別為麥金托什和Windows分別開發兩套應用軟件了。顯然這樣可以節省大量的人力物力，但是經過Windows工程師對麥金托什計算機的檢查後發現，盡管微軟和蘋果都是圖像化的操作係統，但是兩者的工作原理卻是完全不同的——Windows是用操作係統控製一切，應用軟件處於從屬地位，而麥金托什計算機則是用應用軟件控製的，操作係統處於從屬地位。如此一來，把為蘋果公司開發的應用軟件用在Windows上的可能性幾乎為零。