針對法院的這一裁定結果，美國司法部和20個州聯合起來，於1998年5月18日對微軟提出了新的指控，控告微軟利用計算機市場上的壟斷地位來打擊對手，阻礙行業之間自由的競爭。而且，司法部還搜集和掌握了微軟的大量證據，用來指控微軟違反了美國的反壟斷法。
於是，美國政府對微軟公司展開了壟斷訴訟。這次的訴訟不僅引起了全世界的關注，而且在全球範圍內針對這個案件展開了一場大爭論。這個情況對於比爾·蓋茨來說是非常有利的，因為它吸引了全球人們的注意力，使得法院不得不慎重考慮對微軟的最終判決。
雖然這個訴訟案看起來很簡單，但是深究下去卻十分複雜。在案件的訴訟過程中，比爾·蓋茨又顯示出了他天才的法律頭腦。在法庭上，他總是會利用自己超強的邏輯思維來為自己辯解或回避問題。麵對著他人指責微軟是壟斷行為時，蓋茨回答說：“微軟公司的產品隻占軟件產業的百分之四，怎麽能算是壟斷呢？”蓋茨的這種說法竟讓人無從反駁。
因為反壟斷法是在100多年前製定的，那時是工業革命時代，產品的規模數量起著關鍵作用，即那時定義的壟斷是指獨占、專賣、產品在全國市場上占有大部分的份額，所以這就可能判定妨礙自由競爭和貿易的企業為壟斷企業。可隨著社會的進步、科技的發展，尤其在軟件行業，產品種類和數量繁多，已經不能單純從公司的規模大來判斷其是否是壟斷企業了。雖然從表麵看，微軟的軟件種類和數量在全行業來說占有率並不高，但是微軟卻掌握和獨占著軟件行業的最關鍵部分——計算機操作係統。而所有軟件的開發都必須基於操作係統。如果微軟並沒有濫用這種壟斷權力從事不公平競爭的話，司法部就不會對微軟進行起訴。而在這次提交的訴狀中，正是因為微軟利用其在操作係統的壟斷地位，強迫他人安裝微軟的瀏覽器軟件等，涉及到了不公平競爭的商業行為，所以司法部才對微軟進行起訴。