土地問題一直讓曆代帝王十分頭疼。從早期實施土地私有化之後，人們開始能自由地買賣土地，同時土地的兼並也開始流行起來。如此一來，就造成了貧富之間的嚴重差距，形成“富者田連阡陌，貧者無立錐之地”的情形。
對於這種狀況，張居正認為土地的兼並不但集中了土地，還帶來了賦稅方麵的弊端，這些問題都是國匱民窮的根源。
一些官僚地主大量地兼並土地，並且購買土地，最後獲得了豐厚的收益，然而他們卻並不願意繳納賦稅，於是就想方設法地逃避賦稅。這樣就出現了地主將承擔賦稅的責任扣在了變賣土地的貧民身上。由於官僚地主可以通過錢財買通當地的衙門一起作奸犯科，所以地主擁有大量的土地卻可以不用繳納高額的土地稅，而貧民不但喪失了土地，而且還要承擔土地稅。張居正看到這些情況之後，提出了與之相應的改革——“清丈田糧”。
張居正再三斟酌後，最終決定先在福建省進行“清丈田糧”的試驗。於是，張居正便給福建省的巡撫耿定向寫信，信中表明了自己對改革的決心，建議耿定向在福建實行“清丈田糧”的改革，並告訴他這是一項十分有阻力的任務，即使遇到再大的困難，也要堅持下去。
萬曆六年（1578年）十一月，張居正上疏請皇帝下一道諭旨，通告全國正式進行土地丈量，清查之前所有的漏稅情況，並將福建省作為第一個試點實行“清丈田糧”。其具體做法是：由當地官員派人到鄉裏，對每一塊田地都要進行麵積的重新丈量，然後報告給朝廷實際的數字，並且將丈量的實際麵積與之前政府所登記的麵積進行徹底核對，一旦有虛假或者隱漏的情況要及時報告給朝廷。接下來，要根據田地麵積的大小，分成上等、中等、下等進行征收賦稅，並且一定要將從前避稅、拖稅的地主官僚清查出來。而這種方法就叫做“丈地畝，清浮糧”。