在進行政治和經濟方麵的改革後，張居正又將目光放在了教育上。當時教育領域的風氣可謂是烏煙瘴氣，學生私自賄賂教員，而教員不負責任的同時也非常不自重。這導致很多人開始將名利作為目標，私下為了仕途走賄賂捷徑的人越來越多。如此一來，致使學子們不再追求學業，隻是一心想靠走後門進入官場。而一些官員也為了自身利益開始縱容他們並接受好處。張居正對這種現象感到十分頭疼，他認為官場之中的腐敗，根源就是從教育開始的。如果想要徹底地杜絕這些現象，那麽就要用強硬的手段進行教育風氣的改革。
萬曆三年（1575年）五月，張居正向神宗皇帝上疏，強烈要求“整頓學風、重振人才”，並且請旨要求將教育係統的官員一律換成品行端正、博學多才的官員；要求負責監督教育的官員，要經常親自到一些州縣去考察，廣泛地提倡孝道，推舉清廉作風；要求學子應該好好讀書，不能結黨營私，而且不能談論國家大事。
對於教育方麵的改革，張居正還製定了非常嚴密的條例：
一、在改革實施以後，各個省負責監管教育的官員都要親自帶領教員與學子將平時所學習的課程進行探討，這樣就可以滿足朝廷對人才的需要；教員以及學子不允許在府學、州學、縣學之外的地方私立書院，更不能結黨營私，召集無用之徒，談與學業無關之事；不能妄想走捷徑行賄賂之事。
二、如果教員以及學子在平日裏荒廢學業，買通官府假公濟私或者包攬官司、行為傷風敗俗者，一旦證據確鑿，不管平日成績如何出眾，立即開除，朝廷不再錄用。
三、關於朝廷以及國家的弊端，民眾都可以直言進諫，但是學子們不能發表任何觀點。
四、各省專管人員，要在朝廷的指示下開辦學校，不能越職越權，更不能利用任何理由以及借口為自己謀取利益或者為別人謀取官職。