張居正的改革有利也有弊，利的是改革後效果的確十分明顯，而且他對朝廷的貢獻也是不可估量的；而弊的是，由於張居正的改革手段過於嚴厲，因此怨聲載道，而一些從一開始就反對改革的官員也開始彈劾張居正，他們希望張居正在被扳倒之後，改革也可以不了了之。
官場中很多人都不可能完全避免接受賄賂，張居正雖然為人正直，但是他也並不完全是兩袖清風的清官。由於張居正逃不過世俗的**，因此他也會借用權力去為自己斂財。但是他在斂財的過程中卻十分注意分寸，隻有十分信得過的官員給予的賄賂他才會心安地接受。
據說，張居正所有接受的賄賂加起來雖然趕不上嚴嵩的一半，但是數目也是十分可觀的。還有記載稱，當時嚴嵩被抄家之後，嚴府的所有財產大部分都歸於朝廷，但是其中有一部分財產進入了張居正的口袋。
萬曆元年（1573年），張居正在江陵東麵建造自己的府第，據說當時場麵非常壯觀，神宗皇帝還親筆為他寫了對聯以及府匾，並且從朝廷中調出一部分錢來賞賜張居正。張居正的榮耀讓很多大臣看在眼裏，於是湖廣官員紛紛借這次機會進行賄賂。三年之後，張居正的這座府第才正式建成，總共耗費二十萬兩銀子。其中耗費的十分之一的銀子是他自己的，而其餘的全部由官員們賄賂而來。
萬曆二年（1574年），張居正的長子張敬修參加全國會試，很多官員費盡心機地為張敬修鋪路。其目的自然是討好張居正。萬曆五年（1577年），張居正的長子張敬修以及次子張嗣修同時考中進士，並且張嗣修還考中了“榜眼”。萬曆八年（1580年），張居正的三兒子張懋修考中了“狀元”。這其中最主要的原因當然是一些官員的營私舞弊。
張居正在朝中的權力已經達到頂峰，於是他在獨攬大權的同時開始變得獨斷專行。一旦有些大臣的說法不合他的心意，那麽這些大臣就會遭到各種排擠與譴責。因此，很多大臣心中都十分懼怕張居正。有些人即使心中多有怨言，也不敢公然提出。但並不是每個人都選擇攀緣附和這個最得寵的首輔大臣，也有一些堅持與張居正對立的官員。其中最有代表性的人便是南京戶科給事中餘懋學。