其實早在隆慶年間，高拱就曾實行過人才方麵的改革。那個時候，高拱提倡“授官之後，則惟考其政績而不必問其出身”。後來張居正全麵接手內閣之後，並沒有廢去高拱的政策，也極力主張“良吏不專在甲科，甲科未必盡良吏”。意思就是說，針對那些已經為官的人，應該注重其政績，而不應一味地注重其出身。
萬曆三年（1575年）六月下旬，張居正下令各地官員在向朝廷舉薦下屬時要遵循“凡有司賢否，一體薦核，毋得偏重甲科”的道理，並且朝廷規定：在考選地方官員的時候也要遵循一定的比例。在任用地方官員時，要在不降低個人水平的前提下，按照進士四分之三、舉貢人員四分之一的比例進行。雖然這種比例不一定完善，但是我們從中卻可以看出張居正打破常規選用人才的良苦用心和決心。
在張居正執政期間，他為朝廷、百姓作出過很多貢獻，其中最為出名的便是打破常規任用潘季馴。
萬曆六年（1578年），桃源北崔鎮的黃河決堤，而最終導致淮安、揚州兩府之間的高郵、寶應等地都被大水淹沒。朝廷在接到上報後，萬曆皇帝也像往常一樣，讓張居正拿主意。張居正意識到黃河決堤問題是大患，而為了能找到治理黃河的辦法，張居正可謂是寢不安席。
朝廷中管理河道以及漕運的大臣，對於此事也分為兩派意見。兩派一直爭執不下，對於黃河治理這個問題，張居正在短期內也沒有很好的解決辦法。不過，張居正雖然對黃河治理方麵了解不多，但是他很清楚此時需要什麽樣的人才。盡管當時朝中的兩派大臣相爭不下，但張居正並沒有理會太多，而是專心地尋找在治理黃河上有潛力的人才。
在張居正的多方打聽下，他聽說從前工部有一個叫潘季馴的人。這個人的官級非常低，但是他參與黃河和漕運的治理已經好多年，而且在水患治理方麵非常有經驗。但是因為他官級太低，所以他的意見往往不被采納，而他也因此一直得不到上級的提拔。