張居正去世了，馮保也被趕到了南京，萬曆皇帝終於可以做名副其實的皇帝了。而萬曆皇帝也暗暗下了決心，一定要做出一番功績來。
相比張居正來說，馮保就聰明多了。因為他早就已經為自己謀好了出路，所以在他離開京城去南京之後，活得仍然逍遙快活。但是張居正就沒那麽好命了，馮保離開之後，張居正生前幾十年所積累的好名聲全部毀於一旦。當時朝廷的局勢顯得比較複雜，有三股勢力都在躍躍欲試：其中有剛發展起來的張四維一派；還有急於親政的萬曆皇帝；再者就是從前對張居正等人意見很大的那些官員。
最初，陝西道禦史楊四知沉不住氣了。他首先向朝廷上疏，提出了首輔張居正的十四條罪狀。其中最突出的便是：“大略言其貪濫僭竊，招權樹黨，忘親欺君，蔽主殃民。”
張居正在世時，從沒有人敢這樣評論他。而如今張居正死了，馮保也倒了，一切事情都是萬曆皇帝做主。楊四知的上疏正合了萬曆皇帝的心意。萬曆皇帝雖然心裏非常高興，但是表麵上還是做足了樣子。在翻閱完楊四知的奏疏之後，他對群臣說道：“居正朕虛心委任，寵待甚隆，不思盡忠報國，乃怙寵行私，殊負恩眷。”從這些話來看，萬曆皇帝已經將張居正的貢獻全部拋到腦後了。接著，他又說：“念係皇考付托侍朕衝齡，有十年輔理之功，今已歿，故貸不究。”意思是：念及他是父皇留給朕的顧命大臣，而且在十年的輔政過程中也一直盡心地輔佐，既然現在他已經去世了，就饒恕他吧。
雖然萬曆皇帝決定寬恕張居正，但是對於張居正曾經的心腹大臣，萬曆皇帝就沒那麽心軟了。比如，張居正曾經的得意門生馮昕、龐清、遊七等人都被打入大牢嚴刑拷打，並且萬曆皇帝還下旨稱，這些人一個都不能放過。