早在1864年，左宗棠就思量著造船，鞏固海防。在杭州的時候，他試圖造過一個小輪船，並在西湖上試著開了一番，但效果不好，又因為當時和太平軍的戰事緊迫，還沒有經費，因此造船的事情就先放下了。到了1866年，太平軍主力已經大抵消滅，餘部李世賢、汪海洋也被左宗棠追剿殆盡，各地戰事稍平，中華大地上洋務運動風聲漸起。左宗棠上折請建船廠，獲準通過，於是在胡雪岩等人的幫助下，成立了福州船政局。但是船廠才剛剛辦了沒多久，陝甘地區暴亂此起彼伏，民不聊生。於是1867年，朝廷下旨，命左宗棠出任欽差大臣，督辦陝甘軍務。左宗棠便將船廠交給了江西巡撫沈葆楨，北上秦川。
來到陝西後，左宗棠發現，這裏的勢力網錯綜複雜，不單單是漢民和回民的對立嚴重，這裏還活躍著以流寇方式作戰的撚軍。在分析過局勢之後，左宗棠確立了“先撚後回”的方針，打算先吃掉撚軍，再回頭平定回民起義。
“撚”是淮北方言，意思是“一夥”、“一股”，顧名思義，撚軍喜歡分批遊擊作戰，內部有很多“旗”，總共推舉出一個盟主，各個“旗”之間的聯係不是那麽緊密，他們不喜歡據守固定的軍事據點，戰鬥力比起太平軍而言要弱小一些。但是由於太平軍起事的時候，撚軍的很多首領都受過太平天的封號，與太平軍有著千絲萬縷的聯係，比如此時的撚軍盟主賴文光原本就是陳玉成的部將，所以要平定撚軍，還是需要費不少精力的。
與在東南水鄉作戰不同，西北地區的人擅長騎馬，撚軍的騎兵也是勇猛異常。左宗棠命人從察哈爾買來三千匹戰馬，編成了四個營。從武昌走時，他從楚軍中抽調了六千精銳，又讓楚軍將領劉典率一萬兩千人入陝幫辦軍務。此外，廣東提督高連升、原湘軍將領劉鬆山，都率眾趕來聽調。