左宗棠打了勝仗，阿古柏、白彥虎等人或死或藏，這樣一來，伊犁就成了大家目光聚焦的敏感區域。這年年底，清政府派出崇厚與俄國交涉伊犁一事。原本俄國進占伊犁，就是趁著中國內亂不息，打著“協助代管”的旗號來的，當時沙皇做出一副很友好的樣子說：“等你們戰亂平定了，我就把伊犁還給你們，這個時候你們家到處打仗，伊犁眼看都要給亂黨占領了。”崇厚這一次和俄國人談判，就是衝著這句“仗打完就還給你們”去的。可惜的是，崇厚這個人，沒有什麽膽略，到了談判桌上一坐，身材高大的俄國人瞪瞪眼，就把這個清朝大臣嚇壞了。1879年10月，他誠惶誠恐地在《裏瓦幾亞條約》上簽了字。條約中規定，俄國將伊犁歸還中國，中國為此需要將伊犁以南、以西的大片領土割讓給俄國，並且付給俄國軍費500萬盧布。此外俄國還獲得了在新疆和蒙古進行交易時免貿易稅，新增兩條陸路通商路線，在烏魯木齊、嘉峪關等多處設立領事館等特權。總共十八則條約，除了首條“俄國歸還伊犁”外，全部都是偏向俄國的約定。事情傳到紫禁城，朝野議論紛紛，慈禧也感覺崇厚是丟了老祖宗的臉，下令將他投入刑部大牢，判了個死罪，然後又讓曾國藩的兒子曾紀澤出麵，重新談判。當然後來俄國方麵施壓，李鴻章、恭親王等人勸諫力保，使得崇厚在交了30萬兩銀子之後贖罪獲釋。
在這一期間，左宗棠毫無疑問是主戰的。他在給慈禧的折子中這樣說道：“如此對待這些外來侵略者就像是喂狗，單單給他們喂骨頭是滿足不了他們的，等有一天朝廷手中的骨頭送光了，他們也不會停下來。”求戰之心溢於言表。很快，左宗棠密奏慈禧，希望以武力為後盾，作為和俄國爭鬥的方針，慈禧下旨：“準奏。”接下來，左宗棠一生之中最讓人津津樂道、最為閃光耀眼的一刻到來了。