話說回來。左宗棠花了上千萬兩白花花的銀子，收複了新疆，這個代價也不算小了，160萬平方公裏的國土，費盡千辛萬苦才打下來，打下來了，就要守得住。守的話最好的方式就是建省，將這裏也變成行省單位，並分派官員，有法可依，有章可循，這樣百姓才能過得安生，才是長治久安之策。於是左宗棠多次上奏，請求在新疆建省。1877年，左宗棠正式向朝廷提出要在新疆建省的提議。在奏折中他這樣說：“蒙古是京師的屏障，新疆又是蒙古的屏障。”指出在新疆設立州府是相當必要的。建行省不是什麽小事，第一次上奏，朝廷並沒有多大表示。因為左宗棠隻說建省，這個提議有點讓人摸不透，要知道，但凡大將遠征打了勝仗，皇帝們都還是有點戒心的，因為這些人手握重兵，占據一方，攻破敵軍之後又不知道擴充了多少人馬。當初鄧艾入川，司馬昭緊跟著就密令鍾會“收艾”，所以左宗棠這次提議也難免讓朝廷有些疑慮，左宗棠不會是想做阿古柏吧？姑且放一放，以靜製動吧。到了第二年，左宗棠再次提出這個建議，此時南疆四城已經全部收複，但是折子遞上去了，朝廷還是舉棋不定，因為這裏環境相當艱苦，都是些犯了事的高官被派去充軍受罪的，這裏清一色都是些當兵的，搞搞防務就可以了，建省？沒必要吧。這樣左宗棠的提議再一次擱淺了。
朝廷的人沒有到過邊疆，多是道聽途說，對於新疆事務一知半解，便擱置了左宗棠的提議。左宗棠很是著急，到了1880年，他再一次上奏請建新疆省，這一次，他把具體規劃都寫好了，就等著朝廷批。按照他的想法，總督駐在烏魯木齊，巡撫駐在阿克蘇，伊犁將軍不變，塔爾巴哈台改設都統，另外，他設想把新疆劃分為五個道，道以下設立府、廳、州、縣。這個提議還是比較完備的，但是又被朝廷否決了，理由是伊犁還在俄國人手裏，先把伊犁拿回來再說。到了1882年，左宗棠再一次上折子，請求在新疆建省，老部將劉錦堂也在這個時候上了一本，支持在新疆建省，這些人都是在西北摸爬滾打很多年的老將了，所謂三人成虎，到了這個時候，就算慈禧不想在新疆建省她也得批了，再說以左宗棠的牛脾氣，朝廷一天不同意在新疆建省，他恐怕就一天不安生，於是1884年11月，清政府終於同意在新疆建省，劉錦堂被任命為第一任巡撫。從此以後，新疆的行省製度一直延續至今，左宗棠功不可沒。