同治二年，朝廷對太平軍的圍剿逐漸加緊了步伐。年初，泰西各國駐華公使，便明確表示並強調，不再將號稱“上帝子民”的太平天國，視作基督教的一部分。私下裏，諸國皆不同程度地以關稅優惠、軍火援助、派遣軍官等形式協助清軍進剿太平軍。在內外合力圍剿之下，太平軍的戰略空間，終是不斷被壓縮，勢力也日漸衰頹。洪秀全早已失去起兵之時的王者之心，終日沉湎於酒色不說，偏又死守著所謂“天王”的權柄，對昔日一同打天下的老將多有防備，內部已經開始逐漸分崩離析。
五月，李秀成不敵淮軍，自鬆江敗退，屯兵於蘇州，與李鴻章對峙。此時，曾國藩所率湘軍主力已自長江東進，逼近南京。洪秀全下令李秀成回援，李秀成再三思慮後指出，當前的湘軍自上遊而來，有水師便利，遂以逸待勞，不可與其爭鋒，應將蘇省米糧軍火等物資運回天京，作長期守禦的準備，待敵人久頓堅城而無鬥誌時，再與之決戰，定可一鼓作氣勝之。
但此提議當即為洪秀全所嗬斥，洪秀全公開質疑李秀成別有二心，責令他立刻起兵回援南京，同時繞過主帥，對李秀成、陳玉成麾下的大將們廣加封賞。李秀成昔日的部將們，竟然一夜之間都身居高位，有的甚至與他這個主帥其平起平坐，指揮頓生掣肘。據朝廷在太平軍中內線回報，堂堂忠王李秀成，如今要調動兵馬，還需坐下來與幾位平級的大將好言商量、耐心溝通，不但沒有尊嚴，更沒有了威望，以後怎麽在太平軍內部立足？
與此同時，奉命駐防淮南、屏蔽南京北麵的英王陳玉成遭到部將嘩變，這英王更是一個慘啊，一夜之間竟然失去兵馬指揮權，被部將押送至清軍大營請賞嘍。六月，陳玉成被朝廷下令斬首，太平軍上下震動。東南諸省有消息靈通者隱隱嗅出，這場綿延十餘年、席卷半個大清疆土的太平天國運動，已然走到了整體崩潰瓦解的時候，這或許就是黎明前的黑夜，看似無比的黑漆漆的，可是離天亮的時間也很短了。此時，富有遠見者已在思慮，大清廷下一步該往何處去。太平天國雖餘威仍在，卻已注定逃不脫被洶湧的曆史洪流所淹沒的命運了。